水污染防治也是大家比较关注的，特别是2013年浙江省启动五水共治行动以来，方方面面都行动起来，参与这项工作。实际上，对于这项工作，水利部门与环保单位等其他部门是有交叉的。水利部门主要是生态链保护，叫“水生态保护”，还有就是生态用水的调度、调配，包括三江河道清淤工程。

2013年，市水利部门坚持生态治水理念，以“水系沟通、河道清淤、生态护岸、景观绿化、截污治污”为主要内容开展工作，申报全国水生态文明城市建设试点成功，研究制定《宁波市水体环境综合整治三年行动方案》，并以市政府名义出台《宁波市实行最严格水资源管理制度加快推进水生态文明建设的实施意见》，明确了各区县（市）“三条红线”指标分解方案和考核要求。当年完成生态河道建设200公里，新增沿河绿化近100公里，恢复河道水域面积9万多平方米，清除施工围堰、便道300余道，打捞沉船330多艘，清除各类渔箔、网箱4.4万余道（只），拆除各类涉水违法建筑480多处，计26万多平方米。(www.daowen.com)

此后，宁波每年按计划推进水污染防治工作，完成《宁波市水生态文明建设规划（2014—2020）》的编制工作，建成姚江东排河道、古林西洋港河、鄞东南沿山干河东钱湖段生态景观提升工程等项目。2015年，三江常态清淤工程共出船670余艘次，完成清淤量65万立方米。2016年，拆除涉水违法建筑358处，《水利部门严惩淤泥偷倒入江违法行为》案例荣获全市首届“十佳以案释法典型案例”称号。2017年，积极开展剿灭劣Ⅴ类水工作。全市河湖库塘完成清淤方量1381万立方米，为年度计划的138%，全市累计实施环境补水3.6亿立方米。