一、保税区自身的问题

目前我国保税区除了由于区港分离所形成的问题以外，在政策方面也存在着很大的问题，而政策方面的问题又会导致保税区功能方面产生相应的问题。

（一）政策方面的问题

我国对保税区的定性主要体现在海关总署发布的《保税区海关监管办法》，其中第三条：“保税区是海关监管的特定区域。”但这一规定过于笼统，没有对保税区的性质作出明确的诠释，容易致使各部门认识不统一而导致政策抵触，又因政策抵触导致企业为难。

海关总署对保税区的认识是“海关监管的特殊经济区域”，实际上是当作放大了的保税仓库区来监管的。财政部、税务总局及工商总局等则认为保税区是“境内关内”，对区内企业和国内企业采取同等的对待，对区内企业采购国内货物不能视作出口，货物只有离境后才能退税，即所谓的“一线退税”。而商务部对外贸易司认为保税区是“境内关外”，区内企业当然不存在进出口经营权、出口配额及许可证等问题，所以保区内企业都不具备进出口权，当然也无法作为退税的主体，只能由代理出口的外贸企业退税。再按照海关的规定，享受出口退税必须使货物的出口（出境）单证和原入区单证（“两次报关”）在数量和品名上匹配，但由于采购分拨型物流业务性质使然，往往一批货物入区后不可能整批复出境，这造成企业无法实现退税。

外汇管理部门对资本项目下外汇收付使管住“一线”，即视同国内企业；经常项目下外汇收付是管住“二线”，区内企业视为“关外”公司。

（二）功能方面的问题

保税区存在一系列的政策问题，限制了保税区功能的发展，在各项功能运作时出现了许多问题。

（1）制约国际贸易发展。区内贸易公司不具备进出口权以及一线退税和两次报关这些政策上的问题，使区内企业在出口国内物资时只能与国外或国内有进出口权的企业进行贸易，加上出口退税的难以操作，增加了贸易的环节和贸易成本，很大程度上限制了保税区贸易功能的发展。

（2）制约出口加工业务发展。同样这些问题发生在出口加工业务上，保税区内企业不具备进出口权，就不能自行采购国产料件加工出口，只能委托进出口公司代为采购，这增加了运作环节和成本。而实现不了出口退税，便直接制约了保税区内加工企业大量采购国产料件进行加工。(www.daowen.com)

（3）制约双向采购。对于大多数进口分拨型的物流业务，在进口商品的同时都需要采购部分国内商品来满足其分拨客户个性化的需求。

（4）制约物流服务发展。保税区“保税—滞后征税”的效应有利于贸易企业在此进行国际与国内两个市场间的货物流通，但是按照现行的海关管理模式，货物从海港或空港进入保税区的通关时间较长，转运成本较高，在相当程度上抵消了“保税—滞后征税”所带来的效益优势；加上海关实施卡口与仓库两次监管的办法，使得保税区内货物的移库和使用不方便，因此大大限制了保税区的物流功能。

而另一方面，区内企业为了解决出口退税问题，往往采取“境外一日游”的办法来获得退税，但这增加了物流环节，降低了物流效率，提高了物流成本。

二、保税区原有优势的弱化

目前，我国保税区最突出的优势是政策优势。然而，我国加入世界贸易组织后，必须遵循世界贸易规则，在享受成员国的权利时，也需要在市场准入等诸方面做出承诺，这将对我国保税区的发展造成一定的影响，在一定程度上弱化了保税区的政策优势，具体反映在三个方面。

（1）随着外贸经营权的放开，保税区的政策优势弱化。保税区从设立起，就作为我国开放服务贸易市场的超前试验基地，允许进入保税区的外国企业和国内企业获得进出口权，可以直接开展进出口贸易。由于我国到目前为止在关税区内仍然对企业进出口经营权实行审批制，故保税区在服务贸易领域对各类投资者的率先开放是颇有吸引力的。但是加入世贸组织以后，我国必须向成员国实施国民待遇，这意味着外贸经营权的全面放开，那么保税区在服务贸易市场的率先开放就不再有特别的意义，其现有的优惠政策吸引力大大弱化。

（2）随着关税的逐步下调，保税区的“保税”优势弱化。保税区最大的优势就是可以“暂不缴纳关税”，即享有“保税待遇”，从而使经营者可以通过减少流动资金的占用来提高经济效益。我国加入世贸组织削弱了保税区存在和发展的原动力，因为在关税税率越高的国家或地区“保税”的效应就越明显，加入世贸组织以后，关税减让是必然的趋势，这将削弱保税区的“保税效应”；而我国政府还承诺逐步取消对外国商品进口的许可证、配额等非关税壁垒的义务，这使我国保税区现有的贸易自由度优势也被削弱。

（3）出口加工区发展很快，保税区的出口加工优势弱化。随着出口加工区的快速发展，出口加工区的加工功能和政策优势吸引了出口货物从出口加工区进行运营，保税区的出口加工优势也被弱化了。