我国保税区设立和发展是建立在政策优势和港口区位优势之上的。从目前我国保税区区位优势的利用和保税区功能资源和政策优势的发挥来看，保税区的预定发展目标并没有完全达到，其发展障碍主要在于保税区与港区的分离使得各自功能作用没有得到充分发挥。

目前，我国大部分保税区毗邻港口，但并未与港口直接相连，港口被人为地排除在保税区之外。保税区和港区在地域上各自呈“O型”封闭状态，通常以直通道的形式沟通；体制上，区港双方分属两个领域，在理论上各成体系，双方进行协商式的管理沟通。

我国港区分离的管理现状对保税区有两种明显的发展局限。

一、区位优势发挥的局限

由于港区分离，保税区不能形成一个对内地封闭、对境外开放的区域，货物从港口不能直接进入保税区，必须经过其他地区。保税区的货物进出口流通都要经过港口和保税区两道海关检验手续，区内货物还要有一套登记和管理制度，造成手续烦琐、海关监管困难及物流不畅。这对港口物资进入保税区或者保税区的物资通过港口进行分拨，都造成了非常大的麻烦，使保税区无法充分利用港区的功能来发挥保税区邻近港口的区位优势。(www.daowen.com)

目前港区之间的流量仅占港口货物流量的极小部分，上海港的吞吐量每增加1万吨，外高桥保税区进出口增加值（亿元）的相关系数为0.167 533。而从上海外高桥保税区进出口货物采用的运输方式价值来看，空运和利用港口的水陆运输不相上下，这说明实际经外高桥保税区港区进出口的保税区货物占港区吞吐总量的比例不高。

二、功能发展的局限

由于区港的分离管理，造成区港的相关性较小，使有物流带动的相关口岸产业的市场需求比较小，进一步造成保税区的物流量减少。而保税区的仓储、贸易及出口加工三大产业功能的深入开发，都离不开港口物流的扩大。港口物流与保税区之间有限的物流，限制了保税区三大基本功能的发展。