保税物流的发展是随着保税区的改革和发展而发展的，目前，我国保税区的发展主要经历了两个阶段，一是从1990年上海外高桥保税区设立开始到2003年国务院正式批复同意“上海外高桥保税区港区联动试点”为止，这是传统的保税区阶段；二是从2003至今，保税区进入了一个新的发展阶段，即保税区区港联动阶段。相应的，保税物流也经历了两个阶段，传统保税物流阶段和区港联动后的保税物流阶段。

传统的保税区是在当时我国国情与外向型经济战略的特殊背景下，作为自由贸易区的替代模式出现的。一方面，保税区既在一个相对封闭的区域里实现了无关税的自由贸易，又能避免对国内经济的过分冲击，是一种符合我国改革开放思路的平衡机制；另一方面，20世纪90年代初，世界经济正处于一个低谷期，我国的经济环境也相当严峻，客观上并不具备建立完全意义上的自由贸易区的条件，而在保税区的概念下，可以渐进式地推进全方位开放，维护国家利益。

保税区从1990年设立到2003年，从其发展历程来看，按其功能开发可以细分为三个阶段，相应的保税物流在这个时期也可以分为三个阶段。

第一阶段，从1990年到1994年。1990年4月，国务院正式批准设立上海外高桥保税区，按照1990年《上海市外高桥保税区管理办法》，“保税区主要发展对外贸易和转口贸易、港口、仓储、出口加工以及金融服务等业务”。但在实际发展中，保税区的主要功能还只是局限在保税仓储和国际贸易，所以这个时候的保税物流形式主要是以国际贸易、保税仓储为主要贸易方式的贸易、仓储类物流。这类货物一般在保税区进行仓储后经保税区进、出口（进、出境），货物本身不发生性质、形态及用途等的变化。(www.daowen.com)

第二阶段，1994年至1998年。1994年6月，全国保税区工作座谈会在天冿召开（简称“天津会议”），会议提出了我国建设和发展保税区的根本目标是要改善我国的投资、建设软环境，特别是利用海关保税的独特条件，最大限度的利用国外资金、技术发展外向型经济，保税区真正成为新的经济增长点、带动区域经济的发展。在此基础上，会议还明确提出了保税区的四大功能——出口加工、国际贸易、保税仓库和商品展示，要求各个保税区围绕这四大功能来开发，旗帜鲜明地提出保税区要首先发挥其出口加工功能，以推动外向型经济发展。这一时期对于保税区功能的开发，各地区各有侧重，但以出口加工和商品展示为主流。保税物流主要是以加工贸易为主要贸易方式的加工贸易类物流，这类货物（主要指原材料和制成品）一般是由保税区内的生产加工企业输出/入；以保税区内政府机关、企业引进用于展示或为办公生产所需，从国内/外采购的机器设备、办公物资的展示、采购类物流，这类货物进入保税区后，暂时不再流动。

第三阶段，1998年至2003年。这个阶段，物流分拨成为保税区的主要功能，并且取得了长足的发展。自20世纪后期以来，国际直接投资真正成为世界经济的推动者，跨国公司根据其全球化经营的需要，在世界范围内整合资源进行国际化生产和销售。而我国保税区特殊的保税免税功能为跨国公司提供了介入我国市场的最佳平台，伴随着跨国公司的抢滩，国际物流公司、跨国公司内部的分拨物流部分以及专业物流公司纷纷入驻保税区，成为保税区新的增长点。