口岸管理系统是一个多层次、多环节、多目标、多功能的综合管理系统。按构成系统的要素分，口岸管理系统由四大分系统组成。

一、交通运输分系统

交通运输分系统包括港口、机场、车站以及与之相联系的铁路、公路、航空、航运及管道运输等。其主要任务是完成进出口物资、旅客的装卸或上下、疏导及位移工作。

二、外贸分系统

外贸分系统的主要任务是完成外贸成交、货源组织等工作，为口岸提供货运基础。

三、监督分系统

监督分系统又包括检查、检验、检疫三个子系统。(www.daowen.com)

（1）检查子系统，主要指海关、边防检查及海事监督等部门。

（2）检验子系统，主要是指进出口商品检验等部门。

（3）检疫子系统，主要是指口岸卫生检疫、动植物检疫等部门。

监督分系统代表国家对进出境的人员、行李、货物及运输工具行使管理、监督检查职能，维护国家的权益和国际信誉。

四、服务分系统

服务分系统包括为船舶等交通工具及其驾乘人员服务的供应、船舶代理、船舶引水、海员俱乐部等部门；为进出口货物服务的货运代理、仓储、理货等部门。口岸服务分系统不仅以各自不同的方式，为口岸各项工作及进出口岸的交通工具、旅客、货物提供自己的服务，而且也一定程度地维护着国家的权益和国际信誉，同时还有宣传作用。