按照国务院批复的规划指导思想，以生态建设与环境保护为根本，以水资源的科学管理、合理配置、高效利用和有效保护为核心，上中下游统筹规划，工程措施与非工程措施相结合，生态效益与经济效益兼顾，协调生活、生产和生态用水，充分运用法律、行政、经济、科技、宣传教育手段，进行综合治理。近期治理要以国务院分水方案为依据，切实加强水资源统一管理调度，强化节水，严禁扩大农田灌溉面积，调整产业结构，加大政策扶持力度，逐步建立黑河水资源的开发、利用、配置、节约和保护的综合体系；从长远考虑，应实行更严格的节水和管理措施，通过调整水价等经济手段，辅之以山区水库建设和跨流域调水，实现人口、资源、环境与经济社会的协调发展。

黑河流域生态系统恶化的问题是自然和不合理的人类活动长期积累的过程，要充分认识生态建设的紧迫性和长期性，采取综合措施，分阶段进行治理。

2003年以前，建立和完善水资源统一管理和生态建设与环境保护体系，大力开展节约用水，调整经济结构和农业种植结构，合理安排生态用水，实现国务院批准的分水方案，正常年份使正义峡下泄水量达到9.5亿立方米；全流域生态用水量达到7.3亿立方米，丰水年份有一定水量进入居延海，使生态系统不再恶化。

2004—2010年，进一步加大节水力度和调整经济结构，建设山区水库以替代平原水库，建设正义峡水库和内蒙古输水干渠，强化管理，科学配置水资源，在保证正义峡下泄水量不变的情况下，使全流域生态用水量达到9.9亿立方米，逐步增加进入下游三角洲地区和居延海的水量，同时加强上游天然林保护和中游防风固沙林建设，使生态系统恢复到20世纪80年代水平。

2010年以后，进一步采取综合措施，通过跨流域调水，科学配置水资源，使生态系统得到合理恢复，实现人口、资源、环境与经济社会的协调发展。(www.daowen.com)

按照流域综合治理的指导思想，建立健全流域水资源统一管理调度体制，建设水资源监测、预报信息系统；建设山区水库等骨干调蓄工程、输配水工程和跨流域调水工程；建立国家级农业高效节水和生态保护示范区，调整经济结构，全面推行节水；切实加强生态绿洲保护与建设。以此形成以水资源合理配置为中心的生态系统综合治理和保护体系。

上游以加强天然保护和天然草场建设为主，强化预防监督，禁止开荒、毁林毁草和超载放牧，加强森林植被保护。加快黄藏寺、二珠龙、梨园堡等山区控制性工程前期工作步伐，逐步开工建设。

中游建立国家级农业高效节水示范区，深化灌区体制改革，大力开展灌区配套改造，推广高新节水技术，优化渠系工程布局，减少平原水库，合理利用地下水，适度发展井灌，治理盐碱。搞好防风固沙林更新改造。严禁垦荒，积极稳妥地调整农林牧结构，压缩农田灌溉面积，限制水稻等高耗水作物种植。限制高耗水、重污染产业。

下游建设正义峡水库和内蒙古输水干渠，减少输水损失。建立国家级生态保护示范区，提高灌溉管理水平，加强人工绿洲建设，严禁超载放牧和垦荒，禁止滥采滥挖，搞好额济纳绿洲地区生态建设与环境保护。