黑河是我国西北地区较大的内陆河，流经青海、甘肃、内蒙古三省（自治区），流域南以祁连山为界，北与蒙古人民共和国接壤，东西分别与石羊河、疏勒河流域相邻，战略地位十分重要。中游的张掖地区，地处古丝绸之路和今日欧亚大陆桥之要地，农牧业开发历史悠久，享有“金张掖”之美誉；下游的额济纳旗边境线长507公里，区内有我国重要的国防科研基地，居延三角洲地带的额济纳绿洲，既是阻挡风沙侵袭、保护生态的天然屏障，也是当地人民生息繁衍、国防科研和边防建设的重要依托。黑河流域生态建设与环境保护，是西部大开发的重要内容，不仅事关流域内居民的生存环境和经济发展，也关系到西北、华北地区的环境质量，是关系民族团结、社会安定、国防稳固的大事。

黑河流域中下游地区极度干旱，区域水资源难以满足当地经济发展和生态平衡的需要，历史上水事矛盾已相当突出。由于人口增长和经济发展，对水土资源过度开发，20世纪60年代以来，进入下游的水量逐渐减少，河湖干涸、林木死亡、草场退化、沙尘暴肆虐等生态环境问题进一步加剧，省际水事矛盾更加突出。为合理利用黑河水资源和协调用水矛盾，原水电部于1982年组织开展黑河水利规划，1992年提出规划报告。1992年12月，国家计委在“关于《黑河干流（含梨园河）水利规划报告》的批复”（计国地〔1992〕2533号）中，批准了多年平均情况下的黑河干流水量分配方案。1995年4月和11月，国务院先后两次召开会议，研究黑河流域生态环境治理问题，指出黑河分水方案的落实是其中的关键，要求水利部及有关部门尽快提出具有可操作性的分水方案。据此，水利部组织黄河水利委员会深入现场调查研究，广泛征求意见，提出了不同来水情况下的《黑河干流水量分配方案》，经国务院审批，由水利部以水政资〔1997〕496号转发甘肃省和内蒙古自治区人民政府执行。与此同时，水利部于1996年4月在黄河水利委员会内成立了黑河流域管理局筹备组，1999年1月，中编办正式批复成立黑河流域管理局，2000年1月黑河流域管理局在兰州市挂牌正式运转。

针对日益严峻的黑河流域生态系统恶化局面和突出的水事矛盾，2000年5月，朱镕基总理就黑河治理问题作了具体指示。水利部立即进行部署，在积极实施黑河水量统一调度的同时，组织力量开展了黑河水资源问题及其对策措施研究。组织专门班子开展了大规模的外业查勘、调查研究，充分吸收了已有的科研和工作成果，先后邀请了中国科学院、中国工程院部分院士，有关高等院校和科研院所，黑河流域各省（自治区）和有关部委的专家和代表召开了专家咨询会和专家座谈会，广泛听取意见。并征求了国务院有关15个部委、解放军总装备部和流域内三省（自治区）政府的意见。在此基础上，又做了多次修改，并将有关文件上报国务院。之后，又按照国办秘书二局的协调意见进行了修改。(www.daowen.com)

2001年2月21日，国务院召开第94次总理办公会议，听取了水利部关于《黑河水资源问题及其对策》的汇报。按照加强生态建设，加快治理步伐，用三年时间实现国务院批准的分水方案，尽快遏止生态系统恶化趋势的要求，对《黑河水资源问题及其对策》进行了修改和补充，编制了《黑河流域近期治理规划》（征求意见稿）报告，并进一步征求了国务院有关部门和流域内三省（区）的意见，完成了《黑河流域近期治理规划》报告。2001年8月，国务院以国函〔2001〕86号文批复了《黑河流域近期治理规划》。