(一)管辖权竞合

管辖权竞合是指两个争端解决机构均有管辖权，而管辖权又可分为属人管辖权和属事管辖权。^[104]由于RTA的缔约方也是WTO的成员，所以对RTA成员方之间的争端，WTO与RTA的争端解决机构均有管辖权。而且RTA的合法性得到WTO的承认，许多RTA的条文也大多在WTO协定的基础上对RTA成员方作了更高程度的自由化要求。所以，RTA往往规定了与WTO平行或类似的实体规范，因而很有可能与WTO产生法规竞合。一项措施违反了RTA的规定，很可能同时也违反了WTO的规定。

(二)欠缺协调管辖权竞合的规定

RTA虽依据GATT第24条、GATS第5条等规定而缔结，但是GATT第24条和GATS第5条并没有规定解决管辖权竞合的方法。DSU第23条试图通过强制成员遵守DSU的多边规则与程序来阻止WTO成员单方面解决涉及WTO权利与义务的争端，但对RTA成员内部产生的争端无能为力。^[105]由于RTA在组织上完全独立于WTO，所以WTO争端解决机构与RTA争端解决机构之间并不存在上下层级的垂直关系。因此，当WTO争端解决机制与RTA争端解决机制产生管辖权竞合时，WTO并未就其争端解决机制与RTA争端解决机制的关系作出规定，而且也没有任何国际条约对两者之间的冲突问题作出协调。^[106]如果两个争端解决机制各依其相关法律裁决同一或相关争端事实，可能产生裁决不一致，甚至冲突的结果。由此可见，国际法的碎片化和WTO缺乏与其他争端解决机制协调的规定是上述管辖权冲突的深层次原因。^[107](www.daowen.com)

(三)申诉方的场所选择

管辖权的行使是由于争端当事一方提出控诉，以NAFTA为例，如果一当事方先向WTO提出申诉，继而向NAFTA提出申诉，依据NAFTA第2005条规定，NAFTA将会自动排除其管辖权。反之，如当事方一方先向NAFTA提出申诉，而后向WTO提出申诉，因为WTO并无协调与RTA管辖权的条款，则依据DSU第23条的规定，WTO对于违反WTO协定的贸易争端，具有强制的、专属的管辖权，使得WTO和NAFTA对该案都有管辖权。因此，申诉方的场所选择也可能造成管辖权竞合的情形。相似的规定也见诸其他RTA，例如ASEAN、《欧盟与墨西哥自由贸易协定》、《美国与以色列自由贸易协定》、《澳大利亚与美国自由贸易协定》，以及《新西兰与新加坡自由贸易协定》等。

由此可见，在这种情形下极易出现“挑选法院”的困境，因为成员对于一个相同事实的争端可以在两个裁决机构之间，或两个不同的裁判之间选择。对于已经向一个法庭提请上诉，又发动另一个平行程序或是连续程序的情形，可能会引起两方面的问题。首先，两个争端解决机构何者是最后或最高的裁判机构?其次，这两个争端解决机构可能作出不同或甚至相反的结论。^[108]