行政管理机构的职能紊乱。特别是集体林的县（市）级林业管理机构，既是政府的职能部门，具有行政决策、行政领导、行政监督、行政协调等功能，同时又是国有林业的经营者，从事林业生产的经营活动。其结果，既削弱了行政运行的约束机制，导致了为完成生产任务和追求经营效益而置林政和森林资源管理于不顾，也使林业企业依附于林业行政管理部门，导致其缺乏经营决策及经营管理的自主权而没有活力。

管理部门的很大部分精力都放在工程项目上了，似乎忽略了政府的真正职能是为市场机制的有效发挥提供公平竞争的环境，以及为中介组织、企业、职工和林农提供各种基础性服务工作。正因为此，也造成了管理体制中一些具体目标的不明确。如分类经营制度，对于分类是对营林单位进行分类，还是对不同功能的森林类型进行分类？分类后的管理与监督如何实施？公益林以生态建设为主，那么其中的商业性利用可以达到何种程度呢？商品林也有生态效益，那么对其发挥的生态效益有何补偿呢？针对划分为3 类林的情况，兼用林又如何实现兼而用之的目的呢？再如林业产权制度，针对国有和集体产权部分，到底谁来代表国家和集体的利益？如何保证这种国家或集体利益的代表人能真正代表好国家和集体的利益？(www.daowen.com)

总之，政府部门由于目标定位不够明确，也不够准确，致使政府部门自身卷入一些具体的营造林工作当中，置身其中当然也就无法承担起宏观的职能，无法真正实现市场经济社会的市场配置资源的基础性作用，各种社会机构、企业和个人也无法得到政府应该提供的相应的服务。