我国小微企业数量众多、税源分散且税额较少，税收征管成本高、效率低、漏出多，主要表现在以下几个方面。

一是优惠政策短期化、碎片化、复杂化。近年来，对小微企业税收的减免优惠大多属于应对经济下行压力的临时性措施，且政策较为分散、涉及部门多、前置条件复杂，没有形成综合性、整体性、长期性的政策体系。在落实过程中，基层税务人员“吃透”政策尚需一段时间，再对提出申请的小微企业逐一核查是否符合政策条件。有的企业甚至觉得享受一些优惠政策成本太高，真正得到的实惠并不多。

二是税种多、税率高、起征点低。我国对小微企业税收框架与大企业相同，根据企业性质和行业不同，主要有增值税、企业所得税、城市维护建设税等10多个税种。目前，增值税小规模纳税人按销售额3%计征，现执行的起征点为月销售额3万（按季申报为9万），小微企业所得税按利润10%计征，再加上其他税种，小微企业实际税负仍然较高。2018年小规模纳税人年销售额标准提高到500万元，享受减半征收企业所得税优惠的企业增多，但减税力度还不够。(www.daowen.com)

三是小微企业税收遵从成本相对较高。目前对小微企业税收征管主要有查账征收和核定征收。查账征收对大中小微企业的征管流程相同，小微企业往往缺乏专业化税务人才，面对纷繁复杂的优惠政策，各种各样的申请表格，小微企业很难弄明白，遵从成本相对较高。在实际征收中，税务部门对一些小微企业采取核定征收，但缺少相关规范，自由裁量权较大，经济好时税收漏出较多，经济下行压力较大时一些地方为确保财政收入，甚至出现反周期“逆向调节”，征收“过头税”等现象，加剧小微企业困难。

四是各部门对小微企业判定标准不一。工业和信息化部、国家统计局等部门联合印发了《关于印发中小企业划型标准规定的通知》（工信部联企业〔2011〕300号），按照从业人员、营业收入、资产总额等指标结合行业特点划分了中小微型企业。在税法和各项税费政策实施中，还存在多个不同分类标准，例如，《企业所得税法实施条例》中规定了小型微利企业，增值税征缴界定了小规模纳税人等。