日本殖民政权在对东正教进行安抚和拉拢的同时，也没有放松对其监控与改造。因为对殖民政权而言，东正教与伪满洲国的其他宗教相比，更具危险性。虽然东正教的神职人员和教徒绝大部分是反共反苏的白俄，但也不能排除有苏联情报人员渗透其中，而且，东正教通过各种宗教仪式和活动增强俄国侨民的民族凝聚力和自豪感，势必阻碍殖民当局推行的以所谓“五族协和”为核心的殖民同化政策。

日本殖民政权利用伪警察、宪兵、特务机关，通过监视、审查、逮捕等各种手段对东正教会进行严密监控。他们不仅对神职人员和教徒进行登记，还收买神职人员监控教会人士。如1935年，司祭亚历山大·列别杰夫就被特务机关收买，监视教会人士和教徒中的亲苏反日行为。^[41]此外，日本殖民政权还通过邮政检阅制度对教会人士以及教徒的信件、电报、电话、出版物进行秘密检查，涉及日伪暴行、批判社会的书信都要被没收，相关人员轻则被警告，重则被逮捕。1939年诺门罕战争之后，日本殖民政权将防范苏联间谍作为情报工作的重点，加强了对包括东正教教徒在内的俄国侨民信件的检查。^[42]

除了进行监控，日本殖民政权还对有亲苏反日嫌疑的东正教会人士进行逮捕。“1934年，神父阿列克谢·菲利莫诺夫被怀疑为苏联从事间谍活动，在哈尔滨遭到逮捕。他被指控为国家政治保安局对外局秘密间谍，受苏联哈尔滨领事馆直接领导，甚至指出他每月收取75元酬金”。^[43]1944年6月，日本关东军宪兵队破获了哈尔滨东正教会大司祭领导的苏联间谍小组。“该大司祭于昭和13年（1938年）12月将教会的书记员发展为下线，并派其到扎赉诺尔嵯岗扎赉木得附近搜集军事情报。在扎赉诺尔嵯岗扎赉木得，先后有白系露人二十三名被发展为间谍小组成员”。^[44]

日本殖民政权为了达到控制东北民众思想的目的，通过宣扬“建国精神”“惟神之道”强迫民众拜祭天照大神等方式，推行以日本的“国家神道”为基础的“国家信仰”。东正教与“国家神道”在信仰上是相对立的，因此成了日伪政府的改造对象。这种精神改造在1937年7月中日战争全面爆发之后全面实施，1941年太平洋战争爆发后更是变本加厉。但是这种精神改造并没有使东正教会屈服，反而导致日本殖民当局和东正教会之间的“融洽”关系走向破裂。

因为东正教会在俄国侨民学校中具有很大的影响力，所以日本殖民政权对东正教的改造首先是从学校开始的。早在彼得大帝时代，俄国的学校就已经开设了神学必修课，由东正教会的司祭或神学院毕业生教授东正教教规、教义，中国东北地区的白俄学校也都秉承这一传统开设了神学必修课，由哈尔滨东正教会的司祭负责授课。而且，中国东北地区的很多学校是由教会经营管理的。可以说，学校一直是东正教事业的重要组成部分。^[45]1937年，伪满洲国民生部公布了《学校令及学校规定》，规定1938年1月1日起实施“新学制”。“新学制”实施的目的为“遵照建国精神及访日宣诏之趣旨，以咸使体会日满一德一心不可分之关系及民族协和之精神，阐明东方道德，尤致意于忠孝之大义，涵养旺盛之国民精神，陶冶德性，并置重于国民生活安定上所必需之实学，授与知识技能，更图保护身体之健康，养成忠良之国民”。^[46]俄语版的《学校令及学校规程》规定，白俄的公立和私立学校一律更名为“国民学校”，置于伪政府管辖之下；“国民学校”设立由“国语”和“国民道德”组成的“国民科”课程，并将其置于学校各门课程的首位，向学生灌输“建国精神”，进行奴化教育；初等教育机构（小学）原则上用俄语授课，中高等教育设施（中学）则使用“国语”（日语）；神学课从必修课变为选修课，学校不能随意进行与宗教有关的讲演和礼拜，“其时间和教案必须由行政机关认可”；取消5月22日的圣尼古拉遗骸移动纪念日、9月11日的施洗约翰砍头节、11月4日的喀山圣母纪念日（俄历10月22日）等东正教节日，增加了伪满洲国国家祭祀节日。^[47](www.daowen.com)

针对日本殖民当局取消神学课必修课地位的做法，哈尔滨教区梅列基大主教以及东正教会管区理事会、白俄学校神学课教学督导维克托洛夫长司祭等，向哈尔滨伪市公署教育科请愿，要求保持神学课作为不可侵犯的重要科目的地位。^[48]对此，伪滨江省民政厅文教科后藤春吉科长在1937年11月17日发行的俄文报纸《哈尔滨时报》上回应：“应该培养白俄学生具备东方道德，特别是对君主忠诚、对父母尽孝的道德。为了塑造人格，必须教育他们具备忠诚臣民的精神和道德。在实施国民教育的学校，不能强制学生学习某一种宗教，因为宗教信仰是个人问题，希望将宗教课程从学校中分离出去”。^[49]同年12月7日召开的哈尔滨伪市公署会议上，哈尔滨特务机关机关长更是明确指出白俄教育存在缺陷，“我不认为现在的教育制度非常完美。白俄青年中，吸食毒品成瘾者不在少数，最近白俄社会道德的颓废也不容忽视。如果现行的俄国式教育制度非常完美，那为何白俄在反抗俄国革命的运动中会失败？可见，白俄的失败、道德的颓废是学校道德教育欠缺造成的”。^[50]很明显，其所指的学校道德教育就是神学课，矛头直指东正教会。此后，宣扬“建国精神”的“国民道德”课取代了神学课成为白俄学校的必修课。

日本殖民主义者在削弱学校中的东正教会势力之后，又推出了“惟神之道”，将“国家神道”提升为“国家信仰”。1940年，在关东军的策划下，伪满皇宫修建了供奉代表天照大神神器的“建国神庙”。奉安当日，关东军指令溥仪发布《国本奠定诏书》，称“敬立建国神庙，奉祀天照大神，尽厥崇敬，庶几国本奠于惟神之道，国纲张于忠孝之教”。^[51]此后伪满政府颁布《建国神庙、建国忠灵庙祭祀令》，要求各地建造“建国神庙”，到1942年全东北的“建国神庙”已达240所。^[52]同年12月8日，又颁布《国民训》，强调“国民须念建国渊源发于惟神之道，致崇敬于天照大神，尽忠诚于皇帝陛下”^[53]，将崇敬天照大神作为一种“国民”义务。

日本殖民当局也要求俄国侨民参拜供奉天照大神的神庙，路过哈尔滨神社时必须行礼。^[54]这一政策引起东正教会的强烈抵制。1942年，哈尔滨教区的四名主教向伪满洲国政府和哈尔滨特务机关递交了请愿书，强调东正教是一神教，“任何崇拜异教神的行为都是被教规所明令禁止的……因此东正教徒必须服从上帝的意志，不能也不应该崇拜异教神，这种崇拜与正统信仰的基本规定相抵触”。^[55]日本殖民当局将反对参拜神社、神庙的言行视为敌对行为，进行了残酷镇压。1943年，日本殖民政权以“通苏”的罪名逮捕并处决了三河地区的督学官伊万·迪亚科夫，以及扎兰屯的阿烈克谢·朱赤、斐德罗·波克留科夫、巴维尔等神父。^[56]1944年，日本殖民政权又以“违反战时法令”的罪名逮捕了涅斯托尔大主教等东正教上层人士。^[57]

面对日本殖民当局的镇压，东正教会并没有屈服。1944年1月30日，梅列基都主教、涅斯托尔大主教、海拉尔主教季米特里、齐齐哈尔主教尤维纳里联名发表了《大主教告哈尔滨教区东正教教民书》，宣布“哈尔滨教会禁止崇拜异教女神天照大神。东正教徒应该齐心协力坚守自己的信仰，不要偏离正统信仰。亲爱的弟兄们，愿你们像使徒保罗一样勇敢地捍卫自己的信仰。求主赐予你们信心和力量，坚持神圣而正统的信仰，直到生命的最后一刻。俄罗斯东正教的信徒们将冷静地面对各种考验。我们是上帝的圣徒，愿牺牲一切，维护神圣的信仰。我们向主耶稣基督进行虔诚的忏悔，我们将遵从他的命令。愿我们的主耶稣基督赐予我们爱与祝福。阿门”。^[58]东正教会不仅明确表示坚决抵制日伪政府的宗教政策，而且放弃了此前的反共反苏主张，转而归附莫斯科东正教总会。“1945年5月26日，哈尔滨教区的主教季米特里、涅斯托尔、尤维纳里主持召开教务会议，讨论并通过了哈尔滨教会管区归属莫斯科东正教总会的决议。5月28日，三名大主教与其他神职人员一道前往苏联驻哈尔滨总领事馆，请求领事馆将决议内容转达给莫斯科东正教总会。5月29日，各教会在祈祷会上宣读了上述决定，并为莫斯科总主教（即牧首）祈福。”^[59]6月，涅斯托尔大主教在做礼拜的时候，公开宣布莫斯科的阿列克赛牧首为东正教会的首席主教。^[60]同年7月26日，哈尔滨主教区的领导人向莫斯科牧首正式发去了隶属请求。