1917年苏俄政权建立之后，大批敌视苏俄政府的神职人员逃亡到国外，这些流亡国外的神职人员在塞尔维亚成立流亡教廷，^[27]开展反苏活动，而莫斯科东正教总会则在苏维埃政权的严厉打击下屈服，成为完全依附于政府的宗教团体。在这种背景下，全世界的俄罗斯东正教分成两派，即奉流亡教廷为正朔的一派和继续接受莫斯科东正教总会领导的一派。东亚地区的东正教会也出现了分裂，哈尔滨教区完全断绝了与莫斯科总会的联系，接受在外教廷的领导，日本东正教会仍然隶属莫斯科东正教总会，北平教区的维克多主教态度暧昧，既承认在外教廷的合法性，又在1935年将自己的所属关系转到莫斯科东正教总会。而且，东亚地区的哈尔滨、北平、日本三个教区因为争夺势力范围和东亚地区东正教领导权等问题而积怨日深。1939年9月17日，流亡教廷召开主教会议通过决议，决定晋升哈尔滨教区的梅列基主教为都主教，同时任命其为远东府主教区长和远东主教宗务院代理。^[28]但是，北平教区和日本教区并不接受梅列基都主教的领导，流亡教廷的命令也就成了一纸空文。

在日本殖民当局眼中，承认莫斯科东正教总会就是亲苏，接受在外教廷领导则是反共反苏。因为哈尔滨教区的反共反苏态度最为坚决，符合日本殖民当局的政治需要。所以，日本殖民当局采取了支持哈尔滨教区，打压北平和日本教区的做法，推动成立了以哈尔滨教区为中心的东亚东正教会，妄图将东正教纳入日本的反共反苏的侵略体系之中。

日本殖民当局整合东正教的第一步就是打压日本教区的谢尔盖都主教，使日本教区中断与莫斯科总会的隶属关系。日本教区都主教谢尔盖一直都接受莫斯科东正教总会的领导，不承认流亡教廷的地位，他认为流亡教廷是“致命的毒药”，其领导人“抛弃了自己的子民一跑了之”。^[29]而且，谢尔盖都主教与哈尔滨教区的主教们在教区的划分等问题上也存在矛盾，^[30]所以也不承认哈尔滨教区对东亚东正教的领导权。因此，谢尔盖都主教成为日本殖民当局整合和控制东正教的最大障碍。1940年1月，在哈尔滨特务机关的支持下，哈尔滨教区的五个主教联名要求谢尔盖都主教中断与莫斯科东正教总会的关系，并来哈尔滨牵头组建东亚教区，但遭到他拒绝。在这种情况下，日本殖民当局根据1939年颁布的《宗教团体法》，要求日本东正教会改选大主教，借此逼迫谢尔盖都主教下台。《宗教团体法》虽然没有明确规定教团的代表一定要由日本人担任，但实际上不给由外国人担任领袖的教团的法人资格，以此限制外国人的宗教活动。日本东正教会的神职人员和教徒也纷纷要求谢尔盖都主教引退，以换取政府的支持。1940年7月召开的东正教会议上，铃木神父提出，“（谢尔盖）都主教如果不同莫斯科断绝关系，则日满支的东正教会就不会有和平。因为都主教一人，日本东正教会在满洲被视为异教”。会议最终通过了断绝与莫斯科东正教总会关系的决议。^[31]在种种压力之下，1940年9月，谢尔盖都主教被迫引退。^[32]此后，获得政府支持的教徒岩泽丙吉被选为教会的领导者。^[33]他在1940年10月发表的就任致辞中倡议建立东亚东正教同盟，^[34]积极推进东亚东正教会的整合。虽然岩泽丙吉被选为教会的领导者，但因为不是神职人员，所以遭到很多人反对，以致无法领导教会。所以，日本东正教会又推出司祭小野归一担任主教。1940年11月，通过日军参谋本部俄国班班长矢部忠太的牵线，哈尔滨教区的主教们同意为小野归一举行主教祝圣仪式。1941年4月6日，小野归一在哈尔滨中央大教堂祝圣，为日本教区的主教。^[35]以此为标志，日本东正教会正式承认哈尔滨教区的领导地位。^[36](www.daowen.com)

整合东亚地区东正教的第二步则是打压维克多主教领导的北平教区。北平教区前身是在中国传道长达200年的东正教北京传道团，20世纪30年代虽然已经衰落，但仍然管理着北平、天津、上海、汉口、新疆等地的东正教会，以及东北地区的哈尔滨圣母领报教堂、满洲里圣英诺森教堂、海拉尔礼拜堂及大连和旅顺的一些教堂和俄国人墓地。1935年10月至11月，流亡教廷召开了俄罗斯东正教会领导人会议，决定在东亚地区组建统一的东正教团体。哈尔滨和北平两大教区的主教为了争夺远东地区东正教的领导权而互相攻击，并且在自己的管辖地区之外拓展势力，从而导致矛盾逐渐升级。1942年，日本殖民当局对维克多主教施加压力，逼迫其将北平教区管辖的教堂转交给哈尔滨教区，并接受哈尔滨教区的领导。^[37]

整合东亚地区东正教会的第三步是切断其与流亡教廷的联系，在“大东亚共荣圈”内建立日本可以完全控制的所谓“独立”的东正教会。1939年9月，德军入侵波兰，翌年占领整个西欧，欧洲陷入战乱之中，东亚东正教各教区和流亡教廷的联系中断。日本殖民当局乘此机会制造流亡教廷已经解散的假消息，使东亚地区的东正教会无法接受流亡教廷的领导。1940年1月，涅斯托尔大主教在给日本的谢尔盖都主教的信中写道：“塞尔维亚的教务会议委员会已经解散”，所以“必须考虑建立独立的东亚管区”。^[38]梅列基都主教也强调，“与本部的所有联系完全断绝，无法获得他们的任何领导和指令”。^[39]在无法确定流亡教廷教务会议委员会是否仍然存在的情况下，哈尔滨的主教们于1942年11月13日组成了东亚地区临时最高教会本部，管辖满洲、华北和华中地区以及日本、朝鲜、荷属东印度群岛、菲律宾等地的东正教会，这些教会在做礼拜时，都要尊奉梅列基为东亚教区的最高主教。^[40]至此，独立的东亚东正教会正式成立。