日本殖民政权对基督教没有放松监控与改造。因为对殖民政权而言，基督教与伪满洲国的其他宗教相比更具危险性。因为殖民政权试图对伪满洲国社会生活的各个方面实施全面控制，而教会与中国其他地区及外国的紧密关系，对日本殖民政权控制社会的企图构成了挑战。基督教的神职人员绝大部分是欧美人士，其中也有情报人员渗透其中，而且，基督教通过各种宗教仪式和活动宣扬宗教思想，势必阻碍当局推行的以所谓“五族协和”为核心的殖民同化政策。

日本殖民政权利用警察、宪兵、特务机关，通过监视、审查等各种手段对基督教会进行严密监控。

日本殖民政权通过邮政检阅制度对教会人士以及教徒的信件、电报、电话、出版物进行秘密检查，^[17]涉及日伪暴行、批判社会的书信都要被没收，相关人员轻则被警告，重则被逮捕。关东宪兵队成为邮政检阅制度的指挥者和主要实施者。他们在邮局设立特别室，以秘密拆看信件、监听电话、监察电报等手段，发现和侦察反日活动或对伪满不利的言论等。各宪兵队每月编订一期《通信检查月报》，上报关东宪兵队司令部。关东宪兵队司令部以各地月报为基础向关东军司令官报告，并在关东宪兵队和各派遣军宪兵队间相互通报。《通信检查月报》的主要内容分为要旨和邮件检查情况两部分。要旨主要介绍本月通过邮件检查发现的主要问题和处理情况；邮件检查情况又分类为抗日通信、抗日刊物、可疑通信、对防谍上有害通信、对军纪上有害信件、对“国内”治安上有害通信、有关民心动向的观察资料等。关东宪兵队实施的邮政检阅制度，不仅针对中国人，而且针对所有生活在东北的外国人。1937年七七事变之后，日本殖民政权将防范欧美间谍作为情报工作的重点，加强了对包括基督教教徒在内的欧美侨民信件的检查。

除了检查教会人士的信件、电报、电话外，伪满傀儡政权还经常搜查教会，查抄所谓“违禁”书籍。1932年伪满成立后，溥仪就下令：“满洲国境内不得悬挂中国地图，不得使用中华字样，不得使用中国教材。”日伪当局下达“排日教材要断然铲除”的密令。1934年“奉天”宪兵分队居民地查阅班于“奉天”基督教会经营的小学里，发现一本1927年商务印书馆出版的小学高年级用《新时代地理教科书》（第4部）。宪兵队认为，该书“内容上有借此进行抗日教育，对大东亚共荣圈的确立有阻碍之虞”，将其没收，并对校长进行了训诫。1935年，伪满警察在对“奉天”教会进行例行检查时，在教堂院子里发现了一箱书，里面全是马克思的《资本论》，它来自市里被查封的书店，教堂的牧师随即被带到警察局进行审讯。

不仅如此，日本殖民当局还规定教会人士必须定期到警察局汇报自己的活动，接受当局的审查。爱尔兰长老会的牧师富尔顿，在1935年的报告中写道：“政府对教会规定了极具束缚性的规则，必须要掌握每个人正在接受什么教导，人们说了什么、在想什么。布道词必须提交给警察。信件，尤其是来自中国其他地区的信件必须受到审查。外国人要填一大堆表格来回答有关他们的思想、行为、爱好、朋友等问题。事实上，要给不同的警察或宪兵机构填同样的表。因为他们之间相互不共享信息。必须让警察知道何时去哪里旅行，有时必须得到其许可。中国人和外国人都非常厌烦这一套，而日本人将之视为必要的程序，他们在日本早已习以为常的程序。”富尔顿描述了他与伪满警察的一次谈话，为了使伪满警察明白苏格兰长老会不是英国政府的一部分，他花了两个小时。教会和政府机构存在区别这个道理实在是超出了这位伪满警察的理解力范围，他无法相信传教士竟然不是在政府指派下出国的。女传教士梅米·约翰斯顿曾回忆说，“满洲国简直就是警察国，我想这就像纳粹。我们不论去任何地方都要通行证，还要解释目的地和目的。日本人把我们当作竞争对手，他们要让人们像崇拜神一样崇拜天皇，还有他们在满洲国的代表溥仪。我们只可能做到尊重他，但不会崇拜他，有些中国教徒和传教士就因此被迫害，甚至送了命。我们被强迫学日语，当然小学生也一样。”1936年秋，爱尔兰长老会的传教委员会曾派遣其管理主席牧师、博士伊德和妻子到东北考察，在他撰写的考察报告中，他讲到了东北教会所面临的严峻情况：“在过去13个月里，我们的大多数传教士经历着难以想象的折磨和痛苦，他们神经高度紧张甚至面临崩溃。除了祈求上帝，他们别无他法了。他们日日夜夜所遭受的折磨，我们哪怕只是想一想都会受不了。在他们所度过的那些漫长的不眠之夜里，无论男女都要受到严厉审问甚至折磨、拷打，而折磨的目的可能只是逼迫他们承认和某个不认识的人见过面。外国传教士所受已至此，那些中国牧师、医生、教师们，以及和他们密（切）接触的人们将遭受怎样的折磨呢？”

在对教会人士进行监视和控制的同时，日本殖民政权还逮捕和监禁有反“满”抗日嫌疑的教会人士，对其进行折磨，磨灭其反抗意志。

1935年10月10日是中华民国建国24周年纪念日，当夜，伪奉天警察开始了逮捕教会人士的行动。他们逮捕了许多人，其中包括40多位教会主要领袖以及信徒、牧师、医生、教会学校的学生及教会医院的职员等。^[18]五六十个伪警察同时搜查医院的病房和诊室。他们还逮捕了沈阳两家最大的英国公司——汇丰银行和英美烟草公司的职员。被捕的人受到审讯，部分人甚至被拷打。一位牧师被关押了72天，每天被拷打8小时，最后在圣诞节前两天被释放。女子圣经学校的教务长在深夜被两个日本伪警察和一个中国伪警察从床上抓走，她被关押48天，其间有两次被打昏过去。审讯者试图找到这些教会人士与共产党及反“政府”活动之间的联系，但几无所获。伪满法院在毫无证据的情况下仍然对一些人进行了宣判，其中神学院的一位学生被判刑7年。教会和英国领事馆为了营救被捕的人想尽了办法，其中包括给日本官员写信或与之会面。1935年10月31日，沈阳的宪兵头子加藤大佐告诉英国领事说，他们接到命令“清洁沈阳”，他必须照办。驻“新京”的日本“大使”说，传教士被教会里混进的共产党分子利用了，他们说无法预期教会、学校、大学和医院里会发生什么。不过，这次大逮捕行动并没有达到减少反抗和加强统制的效果，它达到的唯一预期效果是使中国人认为公开接触外国人或与其谈话是危险的，可能会使自己成为被军警怀疑的对象。

东北的欧美基督教会人士遭到当局逮捕，其背后有多种原因。其中最直接的原因是欧美教会人士向李顿调查团提供证据，揭露日本帝国主义对东北的侵略行径，而这一正义行为引起了日伪当局的忌恨。1932年，国际联盟为调查中国东北的状况，专门成立了由英国人李顿担任主席的临时委员会。许多中国人希望借机表达他们对“满洲国”独立的反对，但由于调查组的一切活动都处于日本人监控之下，中国人即便找到机会站出来讲真话，事后必定遭到日本势力的惩罚。在这种情况下，传教士弗雷德里克等人挺身而出，在沈阳和辽宁北部与该调查团接触了数次，提交了《关于日本的暴行的秘密报告》。沈阳医学院、神学院等教会学校的人士也用英文撰写了控诉信，寄给该调查团。日伪当局对此极为恐惧，但碍于当时的舆论压力，没有马上进行镇压。1935年，日伪当局终于找到借口，对欧美教会进行了镇压。更深层的原因则是伪满政府着意找出那些对抗其统治的幕后力量，尤其是那些对人群具有聚合作用的力量。他们继而认为不受官方控制的教育体系是危险的，因为它能够影响人们的思想，而基督教恰恰建立和掌握了东北唯一不受日伪政府控制的教育体系，于是伪满洲国政府便发起了反基督教和排外的运动。

随着东亚情势的发展，美日的关系逐渐恶化，美国担心日本发起逮捕美国公民的行动，便从1940年10月12日开始安排本国公民离开“满洲国”；不久，英国政府也建议其国民除非有特殊原因否则应离开远东，随即，欧美传教士们逐渐极不情愿地离开东北。此后的1941年1月，东北教会的传教士举行了一次会议，他们做出了—部分人必须在1941年上半年离开的决定。1941年秋，“满洲国”宣布禁止所有外国人旅行，除非获得伪警方许可。9月初，传教士会议决定发出建议，所有处于服兵役年龄的男子乘坐一艘由英国政府派往日本的船离开，但直到太平洋战争爆发仍有一些传教士不愿或没来得及回国。(www.daowen.com)

1941年12月8日，日本海军偷袭珍珠港美军基地，此后又进攻了英国和荷兰等国在东南亚的殖民地，日本与英美进入战争状态。包括传教士在内的美英等国公民立刻被日本人拘捕起来。12月8日夜晚，沈阳神学院的校长召集了全体教职员工举行会议，宣布停课，劝告学生们不要出门。当晚，沈阳医学院的几位传教士和医生被伪警察抓走，临时关押在沈阳汇丰银行的顶楼。一周后，他们被转囚到沈阳一家外国人俱乐部，后来在那里被监禁了半年。越来越多的西方人被关押到这家俱乐部中，他们中包括长老会的男女传教士、罗马天主教的神父以及其他教派的传教士。

巴克牧师描述了囚禁营中的生活：日本伪警察制定了两个规则：（1）被关押者不得自行获取任何物资；（2）外人未经允许也不得向他们提供任何物资。未婚的西方女性及传教士们的妻子被允许留在家中，但不得与中国人接触，尤其不能擅自向被关押中的西方人提供物资。后来罗马天主教的法国神父每天送来充足的食物，因为法国被德国纳粹占领后，成立了维希政府，那些法国神父不再被作为敌国公民进行监禁。俱乐部的一些人员留了下来，他们为被关押人员提供了极大帮助。这些被囚禁的西方人的生活条件虽然艰难，但还算过得去，他们有吃有穿，还能相互陪伴，且60个人里有4位医生和2位护士。

教会里的中国人，包括教会学校的中国学生以及传教士的中国朋友，他们的生活也受到威胁，随时可能因“通敌”罪名被抓捕，他们中部分人确实被抓进监狱里关了数月，但许多中国人冒着风险夜访沈阳的这家俱乐部，为被关押的西方朋友带去消息，并热心提供金钱和物质帮助。巴克写道：“他们很清楚那样做的危险，但那阻挡不了他们充满友爱的勇敢行动。那是证明福音力量的最佳方式。在危机时刻冒着失去自由的风险所付出的友谊和忠诚尤显珍贵，光明的力量照亮了黑暗，中国朋友的友情抚慰了我们孤寂不安的生活。”^[19]

日本殖民政权为了达到控制东北民众思想的目的，通过宣扬“建国精神”“惟神之道”，强迫民众拜祭天照大神等方式，推行以日本的国家神道为基础的国家信仰。基督教与国家神道在信仰上是相对立的，因此基督教成了殖民政权的改造对象。这种精神改造在1937年7月中日战争全面爆发之后即开始实施。

因为基督教会创办的学校在东北具有很大的影响力，教会学校在当地很受欢迎和尊重，中国家长争着把孩子送进教会学校学习。教会学校为教会赢得了声望和地位，它和教会医院是基督教接近大众的最主要的方式。所以日本殖民政权对基督教的改造首先是从教会学校开始的。当时各教会在东北有30所学校、200位老师和5000名在校生。教会学校开设了神学必修课，由教会的牧师或神学院毕业生教授基督教教规、教义。而且，中国东北地区的很多学校是由教会经营管理。可以说，教会学校一直是基督教事业的重要组成部分。1937年，伪满洲国民生部公布了《学校令及学校规程》，规定从1938年1月1日起实施“新学制”。“新学制”实施的目的是“遵照建国精神及访日宣诏之趣旨，以咸使体会日满一德一心不可分之关系及民族协和之精神，阐明东方道德，尤致意于忠孝之大义，涵养旺盛之国民精神，陶冶德性，并置重于国民生活安定上所必需之实学，授与知识技能，更图保护身体之健康，养成忠良之国民”。《学校令及学校规程》规定，公立和私立学校一律更名为“国民学校”，置于伪政府的管辖之下；“国民学校”设立由“国语”和“国民道德”组成的“国民科”课程，并将其置于学校各门课程的首位，向学生灌输“建国精神”，进行奴化教育；神学课从必修课变为选修课，学校不能随意进行与宗教有关的讲演和礼拜，如要举行此类活动，“其时间和教案必须由行政机关认可”；取消基督教节日，增加了伪满洲国国家祭祀节日。^[20]此后，伪满政府向每所学校派遣了审查官，他要向伪政府报告学校的情况，并作为伪政府和教会之间的沟通桥梁。

日本殖民主义者在削弱学校中的教会势力之后，又推出了“惟神之道”，将国家神道提升为国家信仰。1940年，在关东军的策划下，伪满皇宫修建了供奉代表天照大神神器的“建国神庙”。“奉安”当日，关东军指令溥仪发布《国本奠定诏书》，称“敬立建国神庙，奉祀天照大神，尽厥崇敬，庶几国本奠于惟神之道，国纲张于忠孝之教”。^[21]此后伪满政府颁布《建国神庙、建国忠灵庙祭祀令》，要求各地建造“建国神庙”，到1942年全东北的“建国神庙”已达240所。^[22]同年12月8日，又颁布《国民训》，强调“国民须念建国渊源发于惟神之道，致崇敬于天照大神，尽忠诚于皇帝陛下”，^[23]将崇敬天照大神作为一种“国民”义务。伪政府要求教会学校的学生们参加日本神道教的祭祀及供奉天照大神，这在教会内引发了巨大的骚动。一些教会成员认为，必须拒绝日本势力的无理要求，宁可立即关闭所有学校；另一些人则认为，有关推行神道教的法令与其说是宗教法，不如说是出于政治考虑，他们寄望于向日伪政府妥协，以便维持教会对学校的控制，他们援引日本基督徒和牧师的说法，参加神道教仪式与基督教信仰之间没有冲突，如同英国人起立唱英国国歌一样。传教士会议在辩论之后进行投票，以100票对4票的结果决定抵制日伪政府的要求。绝大多数人认为神道教与基督教之间存在信仰冲突。

在日本殖民当局的种种压迫下，1939年10月，各教会无奈决定关闭学校。日伪政府买下了爱尔兰长老会在营口、吉林、广宁、新民和榆树的5所教会学校，以及苏格兰长老会的3所教会学校。苏格兰长老会总会在1940年说，很遗憾地收到了东北两处教会关闭的消息，他们认为有必要出于道义理由放弃在东北的教育工作。总会对于东北传教士遭到日本殖民政权强制剥夺传播福音权利的境遇以及东北长老会遭受的损失表达了同情。这标志着传教士们在东北地区长达半个世纪的教育事业在日本殖民政权的宗教统制下终结了。