芦沟桥事变后，日本侵略军逼近京津，炮声在清华园已隐约可闻，到处人心惶惶，而当局对清华的搬迁事宜缺少详细应对计划。8月2日，国民党政府才决定将清华迁往长沙，与南开大学、北京大学共同组建长沙临时大学。9月2日，清华校长办公处让清华大学的教授教授们奔赴长沙。1937年年底，南京陷落，长沙已受到威胁，临时大学决定西迁云南。1938年2月，长沙临时大学的师生怀着国仇家恨，分两路西迁，一路300多人从海路经香港转道越南的海防，辗转到达云南；另一路师生500多人在闻一多、曾照抡、李继桐等教授的带领下，从长沙出发，爬山涉水，日躲空袭，夜防土匪，历尽千辛万苦，长途跋涉3500里，历时68天，4月28日到达昆明。清华园的教授们在战火的追逐下颠簸流离，饱受风尘之苦。

正值国事糜烂之秋，陈寅恪又逢丧亲之痛。年已八旬的老诗人陈三立在国难方殷之际撒手人寰。等到丧事办完，已到11月份，此时日军已侵占北京，陈寅恪夫妇带着三个女儿及仆人王妈、忠良离开了充满温馨回忆的北平，开始了历尽艰辛的逃难之旅。3日从北京坐火车到天津，此时逃难的人群蜂拥于途，身体一向单薄瘦弱的陈氏夫妇一人抓住一个女儿，王妈抱着才四个月的美延，一家人紧紧靠拢，随着拥挤的人流艰难行进，深怕被汹涌的人流冲散。到天津后从叶企荪处领了部分薪水，然后马不停蹄，坐船到了青岛，从青岛转车到济南。到济南后，逃难的人更多，车站上人山人海，人们不分班次，见车就上。陈寅恪一家在友人的帮助下，从火车车窗里爬进去，总算乘上了车。经过24个小时的颠簸到达徐州，从徐州转车到郑州，再从郑州乘车到汉口，稍事休息，又乘车到达此行的目的地长沙，住到亲戚家中。不料长沙吃紧，学校要搬迁到云南蒙自。席不暇暖的陈氏一家再次登上奔波之途，乘长途汽车经衡阳、零陵到达桂林。桂林是唐晓莹的祖籍所在地，但晓莹双亲俱亡，只有叔伯亲人健在。陈氏一家在此稍作盘桓，继续登程，经梧州乘内河江轮沿西江而下，经虎门直达香港，准备从香港转道海防，直到云南蒙自。至此为止，逃难之旅已一月有余，身体瘦弱的陈夫人再也支撑不住，病倒在床。然后辗转来到香港，陈氏一家在香港度过新年。到此陈寅恪才算结束逃难之旅，总算安顿下来。

这次逃难之旅，身体一向文弱的陈寅恪挈妇携稚，一路风餐露宿，颠沛困顿，辗转流离，仓皇转徙，历尽了人间苦难。更使人伤感的是，陈寅恪一生视若生命的图书资料及往日的读史笔记损失尽净，其中许多是陈寅恪节衣缩食购置的珍贵版本，有些书他都认真用蝇头小楷在书眉作了详细批注，陈寅恪的入室弟子蒋天枢曾专门撰文介绍了陈寅恪的读书情况，“寅恪先生生平读书，有圈点，志其行文脉络鳃理；有校勘，对本校或意校其沩误；有批语、眉批、或行间批。”“先生平生读书，用思之细，达于无间，常由小见其大，复由大以归于细。”“先生生平所著书，大多取材于平素甚勤之笔记，其批校特密者往往即后来著书之蓝本。”如《世说新语》、《新五代史》、《六一居士集》、《集古录》等书，他都进行了校读，作了大量的眉批，凝聚着他无数的心血，只需进行梳理，就是一批极有价值的论著和论文。另外还有一批有关古代东方语言的书籍和拓片照片等也在邮寄的路上丢失，使他所要着手的学术研究工作无法顺利进行。数年之后，陈寅恪依然念念不忘这次逃难造成的书籍损失，曾专门写信向老朋友刘永济（弘度）诉说：“20年来所拟著述而未成之稿，悉在安南遗失。中有蒙古源流注，系依据其蒙满文诸本，并参稽其所出之西藏原书四库提要所谓咖喇卜经等者，考订其得失。与沈乙庵书大异。后闻伯希和在库伦获元秘史原本，故欲俟其刊布，再有所增删”。“又有世说新语注，主旨在考释魏晋清谈及纠补刘注之疏失。又有五代史记注，其体裁与彭刘旧注不同，宗趣亦别意在考释永叔议论之根据，北宋思想史之一片断也。又凡佛教经典之存于梵文者，与藏译及中译合校，凡译匠之得失，元本之为何（今梵本亦非尽善本，有不及译本所依据者。又其所据之本，亦有与今不同者。其异同得失，皆略能窥知）列于校记。”所有这些耗费了他无数心血的学术结晶都付诸流水，永远没有面世的一天了。许多酝酿心中有年呼之欲出的学术构思也随之毁于一旦，难以追忆，从而变得两手空空，无所凭借，这对嗜书如命学术春秋正富的陈寅恪无疑是更沉重的精神打击，正如其夫人所言，“有段时间他几乎得神经病”。他在云南蒙自写的诗也反映了他那无可奈何的心境：“定庵当日感蹉跎，青史青山入梦多。犹是北都全盛世，倘逢今日定如何。”龚自珍当年生活在波浪不兴的太平之世，有着优越的学术研究条件，犹感岁月蹉跎，韶光易逝，那么如果他生活在当今的乱世，又会发出什么感叹呢？陈寅恪神驰万里，不禁发出如此的追问。只有他点注的《旧唐书》及通典侥幸未丢，陈寅恪依照书眉上的批注，完成了《隋唐制度渊源略论稿》和《唐代政治史述论稿》，两书作为唐史研究的两本经典之作，一直受到学术界的推重，多次被出版重印，成为唐史研究者的必读之书。由此可以断言，如果不是战争，陈寅恪奉献给世人的学术精品无疑要多得多，中国学术界必定另是一番新气象。所以陈寅恪大量书籍的损失不仅是他个人的学术伤心史，应视为中华学术的伤心史和灾难史。

新年过后，陈寅恪独自一人经滇越铁路到达云南蒙自西南联大文学院，4月8日再执教鞭。西南联合大学是由北京大学清华大学和南开大学共同组建的。秋后联大文学院迁到昆明，陈寅恪随之来到素有“四时不谢之花，八节常春之草”之称的昆明，单身一人住在中央研究院历史语言研究所租赁的靛花巷青园学舍，与陈寅恪同住青云街靛花巷3号小楼的还有好友傅斯年、汤用彤、郑天挺以及以前的学生姚从吾、劳干、邓广铭等人。小楼共分三层，每层六间。该楼一楼系师生各自的食堂及学生住处。傅斯年、郑天挺住在二楼，陈寅恪、汤用彤及姚从吾住在三楼。该处环境清幽，景色怡人。郑天挺曾描写了周围的环境：“室中面西有窗一，临空院，院中有修竹一丛，正当窗际，举头可见；日对清节，益吾心神不少也。晚饭后，独坐读书，惟远处蟋蟀微鸣，别无音响，静极。”

西南联大的校舍设在昆明西门的文林街，距陈寅恪的住处一里多路。是年陈寅恪为学生开设“魏晋南北朝史”，属于专题研究性质，每周上课两小时，全年四个学分。随从听课的有10人左右，其中有原清华大学的学生徐高阮、季平、王永兴等人，还有已在师范学院任教的丁则良和跟随陈寅恪读研究生的汪篯。陈寅恪上课一如往昔，进入教室后，就打开所携带的包袱翻书，把授课所需要的资料一一写在黑板上，供学生抄录，然后归座讲解，声调平缓低沉，闭目娓娓而谈，把学子们带入意趣盎然的学术王国。当时国难方殷，陈寅恪特地讲述东晋初年南渡僧人支愍度的故事，并再三致意发挥，目的是教育生徒忠于学术良心，不曲学阿世，别有深意存焉。(www.daowen.com)

1939年秋天，陈寅恪讲授“隋唐史”与“佛经翻译文学”两门课程。此时讲堂移至昆华中学南院的大殿，大殿门楣悬有“南天一柱”的匾额，听讲的人很少，正式学生只有王永兴，前来旁听的有丁则良、汪篯，已经毕业的翁同文，北大文科研究所的邓广铭也是常客。空旷大殿中师生六人环饶而坐，显得静谧而又荒落。但陈寅恪从不因听课人数之多寡而为意，依然精心备课，用心讲授，倾吐着学术的光华。有弟子回忆当时的情景，“先生体弱多病，盛夏衣棉，在昆明时，四季如春，每至讲堂，必深闭门窗以防风，然从不轻易请假缺课。每岁讲演必不与旧岁者重复，盖先生每年必出其研究之心得以授诸生。先生尝云，若干年讲同样的，印而刊之可也，又何必上课哉。”由此可以看出陈寅恪是真正的人师，姚从吾曾经慨叹说“陈寅恪先生为教授，则我们只能当一名小助教而已”。刘叔雅更是对陈寅恪敬佩不已，曾经说西南联大文学院只有两个半真正的教授，一个是冯友兰（时任文学院长），一个是陈寅恪，另外半个是他夫子自道。

流寓西南期间，陈寅恪独身一人传业授道，妻女滞留香港，陈寅恪心悬两地，来回往返，与家人聚散无常，不由发出生命的苦吟：“银汉横窗照客愁，凉宵无睡思悠悠。人间从古伤离别，真信人间不自由。”同时他不善料理生活，身体经常生病，好在有许多旧友新知时常聚首，谈诗论文，使陈寅恪略感欣慰。尤其是傅斯年对陈寅恪照顾有加。傅斯年时任中央研究院历史语言研究所所长，是当时学界学人追随的三大“老板”之一，进而能指点江山，激扬文字，退而能谈文论道，张扬学术，为人磊落轩昂，恃才傲物，元气淋漓，性如烈火，嫉恶如仇，有“傅大炮”的绰号，颇具山东人的性格。罗家伦曾以“纵横天岸马，俊逸人中龙”来形容他。对于他所瞧不起的人，往往态度极为傲慢，且言语尖刻，极尽嘲弄之能事；对于他所看重的人，礼数极为周到，照顾惟恐不及，陈寅恪就是得到他终生礼敬的少数几个人之一，两人早在柏林大学留学时，就彼此相识。这次同处患难，傅斯年把照顾陈寅恪视为己任，那时日本飞机经常轰炸昆明，吴宓形容当时的情景是：“远看投弹雾烟飞”；“同遭横祸几人归”；“入夜盲鸡栖密架，凌晨队蚁涌空城。”因而“跑警报”就成了每日不可少的功课。每当空袭警报一响，楼上的人就争先恐后地望楼下跑，傅斯年却拖着肥胖笨重的身子望楼上奔，把身体瘦弱且已患眼疾行动不便的陈寅恪搀扶下来，送进防空洞才放心。对傅斯年的这种礼贤下士的举动，别人不以为异，陈寅恪受之泰然。为使学术活动恢复正常，傅斯年重新成立北大文科研究所，再次把陈寅恪拉入其中。研究所导师有傅斯年、汤用彤、杨振声、罗庸、罗常培、唐兰、姚从吾、向达、郑天挺、陈寅恪等10人，除陈寅恪之外，其他9人都是北大的教授。这些专家学者济济一堂，好多人都是单身而来，经常同桌就餐聚谈，朝夕晤对，感情十分融洽。据邓广铭回忆，经常与陈寅恪在一起的著名学者有汤用彤、郑天挺等人，“谈兴所至，往往涉及上述诸公擅长的研究领域，如语言学、佛教、明清史、宋元史等，这些各自领域的一流学者，就只有洗耳恭听的份，只听陈先生一人侃侃而谈，无敢插言者，足见陈先生的博大精深，难以企及。”

1939年冬天，陈寅恪疾病缠身，困苦至极，当时右眼已视网膜脱落，仅剩左眼视力。但他除授徒之外，还克服资料不足的困难，继续进行学术耕耘，开始撰写他的第一部学术专著《隋唐制度渊源论略稿》，这部史学名著是在极为艰苦的情况下完成的，陈寅恪曾在著作末尾写道：“寅恪自惟学识本至浅陋，年来复遭际艰危，仓皇转徙，往日读史笔记及纠集之资料等悉已散失，然今以随顺世缘故，不能不有所撰述，乃勉强于忧患疾病之中，始就一时理解记忆之所及，草率写成此书。命之曰稿者，所以见不敢视为定本及不得已而作者书之意云尔。”虽然作者极为谦虚，“命之曰稿”，但其研究之缜密立论之严谨都是史学著作的典范，显示了陈寅恪特有的学术功力，成为唐史研究者必读的参考书。