1928年8月，罗家伦出长清华。同年清华学校改制为国立清华大学，原来的留美预备部和国学研究院取消，罗家伦特地敦请谭延闿书题写了校名“国立清华大学”六个颜体大字。随着学术声誉的鹊起，陈寅恪被清华大学聘为中文、历史、哲学三系教授，为大学生们上课，同时在中文研究所、历史研究所开专题课，如佛经翻译文学、禅宗文学、蒙古史料、唐代西北石刻、世说新语研究、欧阳修研究、唐诗校释、魏晋南北朝史专题研究、隋唐五代史专题研究等，指导程度较深的学生进行专题研究。从课程开设情况来看，陈寅恪的学术研究阵地慢慢开始有所转移，从佛教史研究、西北地域之学，向中古史研究方向过度。作为名教授，学校非常尊重他，为了照顾他休息，他的课永远排在上午二、三两节（9点至11点）。陈寅恪讲授历史课同以往一样，闭目而思，端坐而讲，语调缓慢，平铺直叙，但所论皆关宏旨，绝无游词，讲课内容都是他的创见和心得，哲学系学生卞伯耕回忆陈寅恪上课时的情景：“犹记先生讲课，每端坐合眼，且思且讲。遇有精义独得之处，辙张目含笑，娓娓而言，听者亦为之一振。”并且陈寅恪有一双治史的眼睛，如同积年的老吏断狱，能从常见的史料中，讲出新奇而又合情合理的见解，也就是能发前人之未覆，使人有豁然开朗的感觉，所以授课内容丰富而精彩，听者并不感到枯燥，学生们知道机会难得，全都聚精会神地听讲。每当下课铃响，学生们都依依不舍，有时光流逝太快的感觉。大家都想从听课中学到陈寅恪的治史方法，前往听课的人很多，授课教室常常人满为患。许多外系的学生也不愿失去聆听名师教诲的机会，纷纷选修陈寅恪的课程。如清华大学经济系的杨联升就选修了“隋唐五代史专题研究”，其毕业论文《从租庸调到两税法》得到陈寅恪指点。其他学校的学子也前来听讲，慕名而来，满载而归。

但陈寅恪的其它绝学就不是年轻的学子们所能掌握和领会的了。劳干回忆说：“佛经翻译文学这门课，因为同学们中没有一个学过梵文的，最后只能得到一点求法翻经的常识，深一层了解没有人达到。蒙古源流研究这一门比较好些，因为至少一部分同学对元史方面都多少有些准备，所以大致尚有了解，至于涉及蒙古原文的问题，以及德法文引证的问题，有时会感到困难些。不过大家大致尚能应付。”劳干的回忆反映了陈寅恪的授课内容与当时学生们的程度难以衔接，不能为学生们所吸收消化，有对牛弹琴之讥，难得解人。不过，陈氏的学问也能找到知音，他就是现代著名学者季羡林先生，当时是国立清华大学西洋文学系的学生，他旁听了陈先生的“佛经翻译文学”课，马上就被迷住了，“寅恪先生讲课，同他写文章一样，先把必要的材料写在黑板上，然后再根据材料进行解析、考证、分析、综合，对地名和人命更是特别注意。他的分析细入毫发，如剥蕉叶，愈剥愈细愈剥愈深，然而一本实事求是的精神，不武断，不夸大，不歪曲，不断章取义。他仿佛引导我们走在山阴道上，盘旋曲折，山重水复，柳暗花明，最终豁然开朗，把我们引上阳关大道。读他的文章，听他的讲课，简直是一种享受，无法比拟的享受。在中外众多学者中，能给我这种享受的，国外只有亨利希·吕德斯，在国内只有陈师一人。”可以说陈寅恪的讲课给季羡林这位青年学子带来了学术道路的巨大转变，季羡林的学术转变实在是在此已埋下了契机。后来季羡林放弃西洋文学，告别了歌德和莎士比亚，并留学德国哥廷根大学，师从陈寅恪的同门师弟瓦尔特施米特教授，专攻令人生畏的梵文、巴利文和吐火罗文，走的治学之路与陈寅恪如出一辙。在陈寅恪而言，教坛下如此众多的门人弟子无一人能够承其胸中绝学，想不到却由一个旁听生承其学脉分支，则可谓是有心栽花花不发，无心插柳柳成荫了。

1926年至1937年是陈寅恪一生中生活较为安定的时期，也是清华大学比较辉煌的一段历史时期，当时清华大学教育经费充足，馆藏图书丰富，同时拥有一大批名师，诸如冯友兰、朱自清、金月霖、俞平伯、杨树达、叶企孙、袁复礼、熊庆来、王文显、潘光旦等学界知名教授都在此执教，研究条件良好，学术气氛浓厚，治学环境极佳，成为中国最具实力的学术重镇，奠定了清华在学界的地位。

陈寅恪在清华园设帐授徒，口喧舌耕，诲语谆谆，循循善诱，畅发学术神韵，传承文化圣火，桃李满天下，其行谊风范、教泽清芬、精深学养，给学子的心头树起了无形的丰碑。清华园形成了陈寅恪崇拜热。陈寅恪的学生梁嘉彬执教杏坛，经常模仿陈寅恪的举止教态，养成了闭目授学的习惯，闭目始能讲出，口若悬河；睁目则心不贯注，辞不达意。听说陈师精通十余国外语，治学工具丰富，梁氏又大治数门外语，抱着只问耕耘不问收获的决心，日夜苦读，不久就神经衰弱，常患心跳，才知道陈师天生异禀，自己天赋有限，东施效颦无益于学。

陈寅恪在教学之余，大治学术，勤于著述，在广泛的学术领地爬梳，体现了广阔无边的学术视野，尤其是在国内无人敢涉足的梵学与西北史地之学领域发表了重量级论文，取得了丰硕的学术成果，奠定了他在国内学术界的崇高地位，成为学术界的翘楚，受到了国内学术界的一致推崇。检索他在这一段时期发表的论文，从1930年至1937年共发表了48篇，几乎占到他一生所发表论文的一半，显示了强大的学术爆发力。其中探讨佛学义理或与佛学有关的论文共有16篇，陈寅恪的佛教研究成绩如此之大，主要是他掌握了丰富的语言工具，能使用多种语言多种文本进行参证和诠释，旧译佛经文本中存在的纰漏难逃他的法眼，是以他在检视佛教经典时如同庖丁解牛，无往而不利。他在敦煌学、突厥学、藏学、蒙古学、满学等诸多学科也广泛涉猎，发表了一些论文，有开风气之功。尤其在蒙古学的研究上有着凿空之功，其论文《元代汉人译名考》、《＜彰所知论＞与＜蒙古源流＞》就是蒙古史研究的精品，受到顾颉刚等史学大家的推重。此外由于学术阵地的转移，陈寅恪开始了对唐代历史的研究，先后发表了一些分量很重的论文，精义纷陈，许多都称得上是孤明先发，如《李唐氏族之推测》、《读连昌宫词质疑》、《武曌与佛教》、《李德裕贬死年月及归葬传说辨证》等文章都发千秋之秘，是经得住时间考验的史家学术精品。当时学术界最具身价的学术刊物《中央研究院历史语言研究所集刊》几乎每期都发表陈寅恪的论文，有时甚至一个月内就有数篇被刊载，而一般学者只要有文章被刊载，就有鲤鱼跳龙门的感觉，由此可以看出陈寅恪在学术界的身价是如何之高了。他先后在各种重要学术机构担任职务，出任了国立中央研究院历史语言研究所研究员兼第一组主任、故宫博物院理事、清代档案委员会委员等学术职务，负责审查《清华丛书》的书稿，审查通过了冯友兰的《中国哲学史》、邓广铭的《宋史职官志考证》，并撰写了审查报告，然后以清华丛书的名义出版。先后两次为史学名家陈垣的书作序文，名家、名作、名序文三者结合，成为人人称羡的学术史上的佳话。(www.daowen.com)

陈寅恪广博的知识储备使他在东方语言学上有独特的发言权，从而具备了与西方学者对话的能力，而且多次参与国际学术交流活动。俄国人在外蒙发掘到三个突厥碑文，学者纷纷研究，但均莫衷一是，不懂不通，陈寅恪之翻译解释，各国学者毫无异辞，同声叹服。唐德宗与吐蕃之唐番会盟碑，许多学者，如法国之沙畹、伯希和等人均无法解决，陈寅恪之翻译也使国际学者满意。据蓝孟博的弟子陈哲三回忆，日本史学界的权威白鸟库吉对陈寅恪敬佩有加，原因是白鸟在研究中亚问题时，遇到学术难题“写信请教奥国学者，复信说向柏林大学某教授请教，而柏林的复信说应请教陈教授，当时钱稻孙（陈寅恪的朋友）度春假来日，正住隔房，他说可以代为求教陈教授，钱的春假未完，陈教授的复信已到，而问题也解决了。他（指白鸟）说如无陈教授的帮忙，可能至死不解。”

陈寅恪待人接之以礼，从不论人之过，道人之非，修养极高，具有儒者之风，深得同仁敬重。尤其是学人出身的罗家伦校长对陈夫子十分敬重，他心胸开阔，性情开朗，懂得办学，把清华大学办得正规红火，深受师生敬重。更重要的是，兼通中西的学人本色使他了解知识分子的内心世界，彼此容易产生惺惺相惜的感觉，懂得如何从内心尊重他们。如吴宓曾与罗家伦有过学术争论，不安于位，遂萌引去之意，罗家伦多次托人殷殷致意，诚恳挽留。罗家伦上任之初，就去拜会陈寅恪，同时把他与张君劢、丁文江等人的学术争论集《科学与玄学》一书赠与陈寅恪。陈寅恪随手翻了翻说：“志希（罗家伦的字），我送你一联如何？”罗说：“甚好，我即刻去买上好的宣纸来。”陈说：“不用了，你听着：不通家法科学玄学，语无伦次中文西文。”对联不但把校长大人的名讳嵌入其中，而且明显流露出对科学与玄学之争的不以为然。但罗校长不以为意，反而哈哈大笑。罗氏辞聘之后，陈寅恪深为惋惜，惋惜的是清华失去了一位好校长：“志希在清华，把清华正式的成为一座国立大学，功德是很高的。即不论这点，象志希这样的校长，在清华可以说前无古人，后无来者的。”陈寅恪为人深沉，说话向来很有分寸，这次对罗氏评价如此之高，反映着他对中国官僚体制的深刻洞察。他曾对毛子水解释说：“清华属于外交部时，历任校长都是由外交部指派的。这些人普通办事能力虽然有很好的，但对于中国的学问大都是外行，甚至连国文都不大通，更不要说对整个中国学问的认识了。像罗志希这样对中外学术都知道途径的人，在清华的校长之中，实在是没有过！以后恐怕也不会有了。”其实后任校长也都对陈寅恪致以尊礼，1931年上任的梅贻奇是旧中国教育界的杰出人才，他特别尊重有学问的人，曾在就职典礼上提出了流传颇广的“大师说”：“一个大学之所以为大学，全在于有没有好教授。孟子说：‘所谓故国者，非谓有乔木之谓也，有世臣之谓也’，我现在可以仿照说：‘所谓大学者，非谓有大楼之谓也，有大师之谓也’。”梅校长的主张突出了高级知识分子在清华大学的尊崇地位，素有“教授治校”的美誉。同时他也极力为大师们学术研究活动提供了方便和支持。清华的教授们包括陈寅恪在内，对有这么样的知音应该感到无比欣慰的。

然而，陈寅恪平静的书斋生涯并没有持续多久。芦沟桥的隆隆炮声使华北之大再也放不下一张书桌，日本帝国主义发动的侵华战争开始了。战争的腥风血雨追迫着一代学人，温馨安然的象牙塔生活结束了，从此开始了流离失所的逃难之旅。