联合机构把文物运来台之后，因为各机构内部理事人员来台的并不多，没有办法单独复位工作。所以由教育部牵头，呈请行政院，把这些机构合并到一处，成立联合管理处。杭立武当时是教育部部长，经民国三十八年（1949年）6月3日的行政院第65次会议通过，五个机构，故宫博物院、国立北平图书馆、中央图书馆、中央博物院筹备处、中华教育电影制片厂，合并为“国立中央博物图书院馆联合管理处”。这个由五个机构联合成立的管理处，于民国三十八年8月31日正式成立，简称“联管处”。成立之初内设四个大组，故宫博物组、中央博物组、中央图书组、教育电影组，北平图书馆没有另设一组，其文物由故宫代为运输，并没有随从的押运人员，而且文物不多没有设组的必要。属于北平图书馆的文物，暂时由中央博物组保管。另外又有一个总务组办理日常的各项工作，各组的内部职员，全系随文物来台的原各馆院职员，各组的职能也没改变。为了方便管理，任命杭立武为委员会主任委员，委员会负责统筹监管各组的工作。委员会委员包括王德芳、于升峰、李宗熙、杨师庚、英千里，常务委员是王德芳。故宫组代理主任：庄尚严；中博物组代理主任：谭旦冏；中图组代理主任：顾华。

联管处成立后，着手运台文物清册工作。新清册的底样是原运沪文物清册，文物到沪时做过全套的点查成册工作，大量的清册，清晰完整，记述更是翔实到位。其中书画的清册做得最为精细，不但有品名、件数，还有尺寸、质地、题款、题跋、著录、设色、水墨等等各样，相当于一件考证资料。这次运台文物的清册工作，就是在原有清册的基础之上，以运台文物的数量为中心，成立新册。而且国宝的一举一动，都要为公众所共知，一来可以使经手的工作人员免去舞弊谋私的危害，前面易培基先生的案子就是一例；二来也是把全民的公共财产做到公开化。清册的工作是以打造“运台文物清册”为主，缮造出各组运台文物的清册，详细交代运台文物的种类、数量以及品名。从抽调“运沪文物清册”到制定新册，这样的工作在糖厂仓库边上的“榻榻米”小房子里，不到一个月的时间就完成了。新册由联管处统一管理，并交给各院馆备案。

接下来的工作是文物维护，文物从神武门出来，一直到台湾，辗转了这么多个地方，耗去了这么多的岁月，有些木箱已经没有办法再使用，工作人员要为文物添置一些新的木箱了。联管会决定新做100个箱子，把已经破损严重的替换下来。装文物的箱子有两种，当年从北京出来的时候就已经定下来。一种是定制的新木箱，质地比较好，做工精良，到台湾后基本没坏；一种是装过烟草的旧箱子，当年还没装文物的时候，就像个不倒翁的样子，现在经过了这么多年的磨难，已经破旧不堪，这次要换掉的就是这批箱子。工作人员对于这一工作，并不熟悉，原来做箱子的时候图一时的便宜，用杂木制作，结果文物放进去，时间久了箱子生了虫子，瓷器、铜器不怕，图书文献就遭殃了，大家都很担忧。文物运到峨眉的时候，也换过箱子，当时并不知道做箱子的玄妙，以为材质相同了就可以，照着原来的松木，也做了一批，可这新箱子远不如旧箱子。四川的松木显得重而脆，钉子一钉就裂开了，箱子重得很，装满了书两个人抬起来都不容易。这次虽然吸取了上次的教训，可又有虫子生出来。

1950年1月23日，故宫博物院和中央博物院，在台北举行了两院理事谈话会，因为文物迁台之时随行来的两院理事并不很多，文物监管有些捉襟见肘。两院通过这次谈话会，合并为一处，把两院的理事合算在一起，成立一个新的理事会。新成立的理事会，要监理中央图书馆及北平图书馆存台图书。因为境况不同，两院不在台的理事，仍然享有他们原来的职务，不做撤销。但两院联合理事会要再添新的理事成员，成员名单由两院联合拟订，呈报到政府提供参考。(www.daowen.com)

初拟的的人员名单是陈诚、吴国桢、黄朝琴、陈雪屏、杨肇嘉、陈宗熙、李敬斋、李锡恩、孔德成、黄作宾等先生。会后由教育部把两院理事的谈话会内容，呈报到了“行政院”，后又拟具“国立故宫中央博物院共同理事会组织章程”，会同原有理事名单，建议入选理事名单，一同呈上去。

1950年5月10日，两院共同理事会组织章程由“行政院”公布，同年7月，“行政院”第135次会议决定了新的理事人选，杭立武、胡适等一批“中央”要员及学者在列，分别是：吴敬恒、胡适、蒋梦麟、王世杰、朱家骅、张群、马超俊、傅斯年、张道藩、罗家伦、杭立武、吴国桢、黄朝琴、丘念台、陈雪屏、李敬斋、陈启天、田炯锦、黄季陆、于井塘、程天放、李济、黄健中。

1950年7月17日，两院共同理事会成立，随之举行了第一次会议。会议公推李敬斋先生为理事会的理事长，常务理事为王世杰、朱家骅、傅斯年、罗家伦、丘念台，杭立武任秘书长一职。