国民党逃亡台湾，岛内面积颇狭，大量人口涌入，对原有居民造成了不小的冲击，而最成问题的就是大量军队和官员家属无处居住。当时有一种现象，台湾的人口集中地，都有成块的以简易搭建房为主的居住区。生活在里面的人，被当地老百姓称为“大陆客”。这一道独有的风景线，以后成了台湾文化构成中不可缺少的重要元素。时至今日，台湾文化的核心，仍是外来文化与本土文化的融汇和沟通的结晶。

到台后的国民党政府，上至行政院下至各机关，一片混乱。故宫博物院就在这个过程中，接受了调整。

从民国三十七年（1948年）12月21日到1949年12月9日前后经历三次海运，两次空运，原北平故宫及其他院馆文物5606箱运往台湾。短短几年的时间里，故宫国宝经历了逃难、栖身、再转移的重大命运。第三批文物到台时，国内的形势，共产党已经占了主导位置。蒋介石拨款800万，预计5批的文物运输计划，只能被迫中止。在第三批到台的文物中，属于中央研究院的全部留在了杨梅，其他的运到了糖厂仓库。不久后，外交部的案卷被提走，留在台中糖厂仓库的文物只剩下故宫博物院在内的四个机构的，他们的文物箱数细列如下：故宫博物院2972箱、中央博物院852箱、中央图书馆644箱、北平图书馆18箱，总计4486箱。

为了应对台中糖厂文物的管理，最初参与文物运输的五个机构：故宫博物院、中央博物院、中央图书馆、中央研究院历史语言研究所、外交部，合并着成立一个“中央文物联合保管处”，因为中央研究院历史语言研究所的文物在杨梅，所以它没有参与，其余的四个机构组织了上述的保管处。保管处做糖厂文物的清理、整合、安保的工作。没过多久外交部的文卷被调走，外交部也随之撤出，但教育部的中华教育电影制片厂电器教材却又运进来一批，所以保管处的机构还是四个。

民国三十八年7月31日，国民政府为了适应当时台湾的环境，节省人力和物力，决定改组“中央文物联合保管处”，将故宫博物院、中央博物院筹备处、中央图书馆、中华教育电影制片厂四个机构合并为一个临时机构“国立中央博物图书院馆联合管理处”。这个名字既长且拗口的机构，是文物迁台后的第一个正式管理机构。机构成立委员会，由杭立武先生亲自担任主任委员的职务，其他各个院馆分别改成“组”的形式。原隶属于中央行政院的故宫博物院，暂隶属教育部。

民国三十八年8月23日，联合管理处正式成立。国民政府教育部拟定了“联合管理处组织章程”，当天就处理了一桩事情。原由故宫博物院代为运输的北平图书馆文物18箱，按照章程规定，移交到中央博物院组。

1949年12月9日，杭立武抵台交“联合管理处”文物78件，分别是张大千敦煌临摹壁画62幅和古画16幅。

1950年1月26日，在南京，欧阳道达押运首批故宫南京分院文物11车厢离开，抵达北京西直门车站时卸车查验，11箱石鼓也同在车上。此后，留存在南京故宫分院的南迁文物陆续返运回北京故宫博物院。时至今日，除了2211箱，大约10万件官窑瓷器滞留南京，归江苏省文化厅保管外，其余文物已经运回北京。只是同当年宋子文的“北平安静，文物仍运还”的承诺并不承接。(www.daowen.com)

1954年9月，中央图书馆在台北恢复设馆，北平图书馆的18箱图书，奉命移交到中央图书馆。联合管理处少了一组，只剩下故宫博物组、中央博物组、电教组、总务组。

1955年1月，联合管理处更名为“中央运台文物联合管理处”，相应委员会主任委员是杭立武先生，机构内部结构仍沿用着联合管理处的分制，仍是四个组，分别是，中博组、电教组、故博组、总务组。

1955年11月，“中央运台文物联合管理处”中的电教组，由教育部收回。“中央运台文物联合管理处”再次更名为“国立故宫中央博物院联合管理处”，委员会主任委员还是由杭立武先生担当。

1956年8月，杭立武先生被任命为“驻泰国大使”，国立故宫博物院联合管理处委员会主任委员由孔德成先生继任。

1965年8月，中博筹备处和故宫合并成中山博物院。

1965年12月，台北故宫博物院正式成立，历经颠沛流离的国宝们，终于有了一个安稳的居所。