北平故宫博物院的文物精品，在这次文物转移的过程中是怎样的情形呢？在南京文物抢运的同时，杭立武和行政院都没有忘记北平故宫博物院的文物。南京行政院曾在杭立武的督促下多次向北平发去电报，希望文物能通过飞机运到南京，再一同去台。解放军歼灭东北的卫立煌致使东北解放后，国民党北平的形势非常不乐观。从民国三十七年（1948年）11月起，解放军连连战胜，东北、华北野战军将傅作义军队牢牢围在了北平、天津、新保安和张家口一带。时至12月14日，北平城已经是孤城一座。就连北平的紫禁城，也在傅作义军团的坐拥下，颓然没了王城帝府的霸气。

杭立武在南京心急如焚，每次发往北平的电报都石沉大海。北平故宫的总负责人马衡院长，接到电报后执意不回，有心将文物留在北平。马衡有个儿子，当年力挺文物不动，是个戏剧家，与北平地下党有联系。因为这层关系，马衡很快就成为了北平地下党攻坚的重要对象。当时北平文物面临迁出，中共通过地下党传出消息，声明马衡如果能保住文物，战后仍使其担任故宫博物院院长一职。

南京行政院再三电报催逼，马衡一心留文物在北平，南京的电报却又不得不回，于是只得回电表面上支持文物南迁。当时马衡在故宫召开院务会，故宫的重要职员，大多都在南京或已逃至台湾，出席会议的有古物馆的朱家溍，他代表身在上海的馆长徐鸿宝；文献馆的单士魁和张德泽，代表已经赴台的馆长姚从吾；还有图书馆馆长袁同礼、总务处处长张庭济和秘书赵席慈。会长马衡抱着对文物负责的态度，对文物迁运进行了周密的部署，要求挑选运台文物一定不能马虎，装箱的工作也要做得妥当，凡是不可急于求成，要以安全为主，前期的准备工作包括木箱、棉絮、麻绳、纸张等物品，要做统一的计划，最终敲定后报由总务处购置。这样一来烦琐的工作程序会导致文物一时难以迁出，以待解放军解放北平。

民国三十七年（1948年）12月14日，北平城已经完全落入解放军的合围之中，傅作义顺应民心，放弃抵抗，北平和平解放，文物的甄选工作却还在进行当中。当时北平已经断绝交通，中共地下党临时组织“故宫博物院职工警联谊会”，关闭了午门、神武门、东西华门四门，文物迁台，在杭立武那里终是一个梦了。一个月后的民国三十八年（1949年）1月14日，马衡给杭立武写了一封信，信上这样写道：“嗣贱恙渐痊而北平战起，承中央派机来接，而医生嘱勿乘机，只得谨遵医嘱，暂不离平。（略）窃恐爱护文物之初心转增损失之程度，前得分院来电，谓三批即末批，闻之稍慰，今闻又将有四批，不知是否确实。弟所希望者三批即末批，以后不再续运。”(www.daowen.com)

庄尚严是马衡北大的学生，马衡念其当年北大的师生情谊，同样给庄尚严写了一封信，劝他弃暗投明。信到后却被庄尚严婉言拒绝，就此两个人的师生情谊也缘尽了。

庄尚严的儿子庄灵在《台北故宫的故事》中述：“1980年父亲在台北过世后，听专攻中国美术史的大哥庄申告诉我，当1948年父亲已经奉派押运第一批文物，即将从南京启程到台湾的时候，人在北平的马院长曾经致函父亲，如果父亲决定要护送文物去台湾，则他不惜与父亲断绝二十多年的师生之情。其实来到台湾以后，笔者一直都和父母亲同住，却从未听父亲谈过这样的事；也许这是父亲当年徘徊在国家命令与师生情谊间，于是不得不做抉择而造成的一处最不愿被触及的内心隐痛吧！”