民国三十八年（1949年）1月10日，徐蚌会战结束，共产党取得了全面的胜利，人民解放军进入南京指日可待。1月14日下午，国民党中央博物院筹备处紧急召开理事会，出席的理事有朱家骅、张道藩、徐鸿宝、萨本栋、傅斯年、胡适、翁文灏和杭立武。会议决定尽量将留在南京的文物全部运到台湾，并聘请代理主任杭立武为中博筹备处的正式主任。

第三次转运文物，参与的机关有三家，故宫博物院、中央博物院和中央图书馆。1月9日，也就是第二批文物运出去的第三天，三机关代表在中央博物院开了临时会议，初步决定运送文物的数量：故宫博物院1700箱，中央博物院150箱，中央图书馆150箱。

这批文物的运输，原计划由故宫博物院文献馆馆长姚从吾先生总负责，由于姚从吾先行赴台布置工作，后改由各机关共同负责了。

参与此次押运的人员分别是故宫博物院的张德恒、吴凤培，中博筹备处的索予明和中央图书馆的储连甲。

徐蚌会战是决定国民党政权存亡的关键一战，这一仗失败使得国民政府上下大乱。南京的军务运输特别繁忙，几乎占去了所有的运输工具。四处逃难的人没有火车的位子，只好爬到火车的车顶上。文物的运输找不到一艘可用的船，就连在此之前神通广大的杭立武也是束手无策，因为根本没有可租的商船了。最后只好再次找到海军总司令桂永清，桂永清答应派“昆仑舰”装运，不过“昆仑舰”有军务在身船期无法预定，而且行期必须严格保密。这样文物必须先要运到码头，随时候着船来，可是码头并没有仓库可用，先有的已经被各种物资装满了。

文物运到码头，没有仓库可用，只好码放在空地上。各机关购置了大量的油布，把文物包裹得严严实实，每天派职员监护，又有军队驻守。

那志良回忆说：“那些天正值阴雨天气，连绵不晴，码头上人际稀少，江流中细雨迷蒙，偶然听到远处军号之声，刺人心弦，凄凉之景，令人不胜唏嘘。”

1月28日下午，农历新年除夕，在南京城细雨连绵的阴郁气氛下，昆仑舰不期而至。这艘船不是为文物而来，另有任务在身，只能在下关码头停留24个小时，文物必须要赶在开船之前全部装完。当时正值除夕，码头的工人不愿意在这一天工作，罢工的情绪严重。由于院方跟码头公会早定了约并付了定金，公会只好出面疏通，以节假日奖励的手段使工人回港上工。工人方面还没谈妥，得知昆仑舰将去台湾的海军总部官兵和家属们又来了。跟上次中鼎轮一样，人们再次蜂拥而上，昆仑舰两个船舱很快被他们占了一个，剩下的一个，里面已经有了其他机关的物资，余地只能放下500箱文物。押运负责人多次上船交涉，未得结果，只好又通过杭立武找到海军总司令桂永清出面处理。这一次桂永清望着自己老部下的亲属家眷，那些“希望大家以国宝为重”的话实在是说不出口，让家眷下船的话再也说不出来了。为了使家眷和文物都能顺利运走，桂永清临时想出办法，他下令，打开舰上全部的官兵卧舱，尽量容纳下所有的人，文物分别送到甲板、餐厅和医务室。

杭立武的儿子杭继东在接受采访中这样描述当时桂永清上船的经过：眷属都痛哭流涕的，桂总司令没有办法，讲也不行劝也不行，怎么样子都不行，他们就是不走嘛，等于这个人在逃命的时候，你用一切的理由，他都听不进去。(www.daowen.com)

工人们领着新年特别奖金在码头上装船，军舰临时容纳了太多的人，原本2000箱的文物，只装上了1248箱。除了中央博物院的150箱全部装上去之外，故宫博物院留下728箱，中央图书馆留下28箱，只好由各机关的驻京人员重新运回了原仓库。已经上船的文物1248箱，包括故宫博物院972箱、中央博物院筹备处154箱、中央图书馆122箱。中央博物院前后有4箱的出入。文物装船之后，杭立武派中央博物院职员又送来4箱文物，一再嘱咐押运员要把它们运走。这时文物已经装完，中央筹备处的索予明再三与船上交涉，说明这4箱文物的重要性，最后得到副舰长楚廉方的许可，才把他们搬上了船，拆掉了一间官长室的桌椅，4箱文物才放进去。这4箱文物是抗战时汪精卫赴日本，送给日本天皇及皇后的礼物，抗战胜利后由日本归还，这也是抗战后的首批归还文物，杭立武认为很有纪念价值，所以临时派人给送过来。4箱文物里有沈阳张三畬堂的缂丝和古画，翡翠屏风、白玉花瓶、青花玉瓶等。楚廉方在一篇回忆录中这样描述了4箱文物上船后的情景，“唯因木箱体积颇大，致使通道阻塞，使官兵在工作及生活上，均极感不便”。同这一批文物运走的还有当时蜚声海内外的王羲之《快雪时晴帖》。

在日军侵华的14年里，包括典籍、字画、珍宝、古玩、碑帖、文化古物、北京人化石等一大批重要文物，被大肆地掠夺和毁损。一份国民政府的报告中对日军的行径这样描述：“侵略我国敌军往往有擅长金石书画掌故目录之专家随行军中，凡敌蹄所及之处，彼等立即殚搜穷索。”到民国三十四年（1945年）8月15日日本无条件投降，据国民政府“清理战时文物损失委员会”的不完全统计，战时被日军掠夺、损毁的文物3600074件，无法统计的文物7870箱，损毁的古迹多达741处之多。

抗战胜利以后，“清理战时文物损失委员会”经过各种努力，在1950年的3月到1951年的7月间，先后迫使日本归还文物6批，合计105箱。但是这些文物并没有运往大陆，而是从日本的横滨运出后，直达台湾的高雄。加上第一次归还的4箱，日本归还的文物一共是7批109箱。这些文物现在藏于台北的故宫和历史博物馆。其中的精品如翡翠屏风和南京大鼎，一件藏于台北的故宫，一件立于台北故宫的正门口。至于最令国人担忧的北京人化石，则一直没有追查到下落。

昆仑舰1月29日秘密起航，这艘明显超载的军舰，原计划经上海、定海、马尾、广州到台湾的基隆。就在昆仑舰出港的前一天，被誉为东方泰坦尼克的客货轮太平号（它的船东就是当今台湾著名的电视主持人蔡康永的父亲蔡天铎），因为超载的原因在从上海抵达基隆的途中，与一艘名为建元号的货轮相撞，丧生了近千人。昆仑舰一路上曾多次遭到解放军的阻截，频频受险。就在军舰刚驶出出江口的时候，船头却悄悄地掉转了方向，去台湾应该往南走，它却往北走。中央博物院的索予明第一时间发现这一情况，赶紧告知副舰长楚廉方。当时船上究竟发生了什么事，没有史料记载，军舰是秘密起航，航期以及任务也是军事机密，所以只有副舰长楚廉方在回忆录中这样说道：“昆仑军舰沈彝懋舰长，企图背叛政府，余虚与委蛇，终将主犯等逮捕伏法。”楚廉方的儿子楚重名也有一段记录：“当时讲就是叛变嘛！就是把船转回上海去，或者转回别的地方去，转回南京去。之所以他没有得逞，就是因为他对这个航海图，不太专业。”索予明在一段谈话中说：“说那个舰长好像是有一点不太稳定，他这个立场，那时候是一个风气，那个时候有个名字叫作靠拢。”北方是解放军的控制区，转头实际上就是投向共产党。

叛变的事情一时得以解决，昆仑舰还要继续航行。因为船体过旧，一路上走走停停前后修船花去了8天的时间。原定的三天路程，一共走了22天。船到达基隆港的时候已经是2月22日。想要投向光明的昆仑舰舰长，船到岸后即刻被杀。

第三批文物起运，台湾方面得到消息，为了卸船的方便，派那志良先生到各个港口打探昆仑舰靠岸的时间。那志良常常往返基隆、左营两处港口，十几天过去了，昆仑舰还是没有消息，大家不免为国宝担心起来。船到的前两天，终于在基隆港得到消息，22日文物抵港，卸船后直接运到台中的糖厂仓库。

当时国共又开始了新一轮和谈，第三批文物运出后，杭立武积极准备抢运第四批。但是为避免影响和谈气氛，李宗仁阻止了杭立武的行动。

惊险的第三批文物运台，成了故宫从南京运出的最后一批，从中鼎号到海沪轮再到昆仑舰三次运送的文物一共是4486箱。其中故宫博物院2972箱，中央博物院852箱，中央图书馆644箱，北平图书馆18箱。