民国三十七年年底，第二批运台文物已经挑选出来，仍然是按照第一批的模式，每个机关各出一个人负责，大家每天见一次面，共同商讨。这一次因为并不着急，所以较之上一次可以在文物里好好地筛选。故宫决定运台的是《四库全书》、《四库全书荟要》、宋元瓷器和全部的铜器，箱数上希望能和第一次的合计成2000箱。故宫运出的文物在这一次里显得尤为重要，因为有全套文渊阁《四库全书》和摛藻堂《四库全书荟要》。这两部书在前面都介绍过，《四库全书》共7部，故宫文渊阁所藏是第一部，也是缮写得最为完整的一部，共3459种，36609册。《四库全书荟要》是四库全书重要部分的摘录，提供皇帝随时取阅之用，全书分为经、史、子、集4部，473种，11178册。《四库全书荟要》共缮写了两部，一部存于紫禁城御花园的摛藻堂，另一部存于圆明园味腴书室，后毁于英法联军火烧圆明园。运去台湾的这一部《四库全书荟要》，成为世上仅存的一部了。此次运台文物中的铜器，有些是稀世珍宝，因为这些宝贝的原因，中华民族的历史可再上溯3000年之久，其价值不可估量。

第二批文物运台的时候，徐蚌前线的国民党军队已经近乎瓦解，南京城人心惶惶，人民解放军随时可能解放南京城。此时海军总司令桂永清已经派不出任何一艘军舰了。杭立武背负着文物转运台湾的使命，不得不再用回当年的老办法，联系招商局，包租招商局轮船。

民国三十八年（1949年）1月，得知招商局的“海沪号”承运这批文物，1月3日船可到南京的下关，准备的工作紧张起来。

第二批文物的押运员分别是故宫博物院的那志良、吴玉璋、梁廷炜、黄居祥；中央博物院筹备处的李霖灿、周凤森、高仁骏；中央图书馆的苏莹辉、昌彼得、任简；中央研究院历史语言研究所的董同和、周法高、王叔岷。

高仁骏先生晚年的回忆说：“那个时候我们每天工作，从早上8点开始一直到晚上12点。”昌彼得先生（后来的台北故宫博物院副院长）当时正负责中央图书馆善本书的装运工作，晚年也有回忆，他说：“善本书籍很多，当时在南京都摆在书架上面。现在要运，当然要装箱，关键是订制木箱，我们要装箱还要抄册子，所以那个工作也蛮繁复的。大概花了两个月的时间，才装好箱才能运。”

清代玉雕“肉形石”

各机关运台文物箱数分别是故宫博物院1680箱、中央博物院468箱、中央图书馆462箱、北平图书馆18箱、中央研究院856箱，共计是3484箱。此次运输本定故宫博物院副院长徐鸿宝先生做主要负责人，不料徐先生临时有事不克成行，只好改由所有押运员共同负责。(www.daowen.com)

民国三十八年（1949年）1月6日海沪轮由南京的下关开出，就在前一天，国共和谈，民国政府希望同中共划江而治，毛泽东钦定了43名战犯，声称除非接受共产党的审判，并喊出“国人皆可杀”的口号，国共和谈随之破裂。

1948年12月25日，新华社发布了43名国民党战犯名单。

1.蒋介石 2.李宗仁 3.陈诚 4.白崇禧 5.何应钦 6.顾祝同 7.陈果夫 8.陈立夫 9.孔祥熙 10.宋子文 11.张群 12.翁文灏 13.孙科 14.吴铁城 15.王云五 16.戴传贤 17.吴鼎昌 18.熊式辉 19.张厉生 20.朱家骅 21.王世杰 22.顾维钧 23.宋美龄 24.吴国桢 25.刘峙 26.程潜 27.薛岳 28.卫立煌 29.余汉谋 31.傅作义 32.阎锡山 33.周至柔 34.杜聿明 35.桂永清 36.王叔铭 37.汤恩伯 38.孙立人 39.马鸿逵 40.马步芳 41.左舜生 42.曾琦 43.张君励

这次文物运输很顺利，码头上没有海军的眷属抢占船舱。虽然台湾海峡还有风浪，不过海沪轮本身宽大平稳，晕船的人很少，恼人的狗吠也没有了。9日清晨海沪轮抵达基隆港，那天港内围了很多卖香蕉的小木船，生意红火。上午10时，早在台湾的谭旦冏先生过来，告知火车的车皮不敷分配，文物先得在基隆候着，并要求押运负责人到台北商谈。当时那志良、董同和随同谭先生到了台北，又见了杨、芮两先生，一同商量了文物接运的事宜。

1月12日基隆的文物开始卸船转运，除中央研究院历史语言研究所的文物留在杨梅外，其余全部运往台中糖厂仓库。