随着遗传药理学技术如基因检测在研究、开发和临床实践中的应用，许多社会、伦理、法律问题被提出来。

一、临床试验的重新设计

一些特殊人群如妇女、老年人、儿童和少数民族人群在临床试验中被排除，这是存在已久的问题。根据基因型排除一些人群出现了类似的问题，如被排除的试验者不能获得潜在的受益，试验人群的偏差及代表性问题以及导致的试验的公正性问题。此外，根据基因组分型进行临床试验的标准在试验的效度和信度方面出现了技术问题。包括分类病人小样本而出现的统计学问题，发现稀有不良反应概率降低，样本偏倚，在多中心临床试验中控制遗传变量缺乏一致性，试验难以重复等。这些可能增加不安全药物上市的机会。所以，管理者正采取谨慎的方法重新设计实验。FDA率先表明任何关键试验的遗传药理目标将追加标准的实验程序。如果实验最终包含基于基因型选择的元素，可能更需要严密的临床管理和上市后再评价。

二、临床有效性和实用性

围绕新的基因测试出现的最重要的一些问题影响其有效性和临床实用性。为了确保从治疗中获得明确的收益，临床医生和病人需要相信基因测试可提供有意义数据来指导开处方和治疗。然而，药物基因组学的研究本身存在着问题，即使药物基因组学的证据存在，如何指导实践也不得而知。目前，在许多国家药物上市之前并不强制要求进行基因测试判断药物的临床有效性和实用性，更为关注药物的质量保证。为了确保病人的利益和促进遗传药理学的发展，更需要政府部门的远见卓识。

三、被排除治疗

关于遗传药理学试验的另外一个要考虑的问题，是几乎所有的研究结果都只是一种可能性。尽管某些人群的基因与不良反应相关性非常强，而实际上并不一定发生不良反应，因此将他们排除在治疗之外是不恰当的，基于遗传药理学试验鉴别出的无反应的病人也会出现这种不恰当的排除。实际上，这些病人许多可以从这种治疗中受益。在基因相关性不强而又没有其他治疗策略的情况下，无论出于是有益或无害的伦理学原则，将病人排除治疗都是不恰当的。因此，有时不能单纯地基于遗传药理学考虑而将病人排除治疗，而应该综合考虑其他因素，包括是否有可选择的治疗等做出判断。

有人质疑以基因相关信息形成的临床决策的充分性。然而，药物代谢酶的基因分型不能代替详细的病史包括病人服用过的处方药和非处方药。必须把这些临床信息和基因型信息结合起来评估药物不良反应的危险性。此外，医生仅仅依靠其自身专长来评估药物-药物、药物-基因型的相互作用有是局限的，还应综合考虑其他疾病或器官功能与药物不良反应的关系等。

排除在治疗之外必须有确凿证据。当基于特定基因型的严重不良反应高危人群仍想坚持使用某种药物时，必须让其充分了解所承担的风险。当给予被鉴定为“无反应”的病人使用药物时，医生应介绍药物有效的概率。

尽管被排除治疗引起了许多伦理学争论，然而，当病人被给予实际上有害或无效的药物时，他们承担着本不应承担的风险。遗传药理学的出现提供了降低这些风险的可能性。可能的益处远大于先前描述的问题。

四、新“孤岛人群”的出现

在没有有效的治疗可用或现存的治疗不合适的情况下，而新开发的药主要针对基因型比较普遍的人群或者被鉴别出具有良好反应的人群，那么新的伦理问题就出现了。新产品可能不会针对“错误基因型”病人或数量少的基因型人群，新的治疗“孤岛人群”就会出现。这类人群在经济上不能吸引制药企业开发新药。这个问题在贫困人群或少数民族更为明显，因为这类人群在获得健康医疗方面已经存在严重的问题。在美国和英国，政府通过增加科研投入，提高药物价格及政策鼓励等，与现存“孤岛”药物法规异曲同工，以期解决这个问题，但需要提供资源或经济刺激鼓励私有企业去投资。

五、遗传药理学产品的高成本

除了被排除治疗和新“孤岛”人群产生问题之外，其他关于医疗服务的公平性问题也随之提出。尽管对于制药工业可以减少研发的成本，然而基于遗传药理学开发的药物的适用范围严格限制，导致市场容量减少。Danzon和Towse在遗传药理学经济分析中推断，基于遗传药理学开发的产品很难成为轰动性的产品，一年销售额过10亿。(www.daowen.com)

由于遗传测试导致病人分割的问题可通过调整价格以适应个体化治疗的高受益已进行论述。然而，仍存在两个问题：第一，支付者可能不情愿因个体化治疗导致的价格上调，这就要求制药公司和付款人用经济学手段评价个体化治疗的高价值回报。第二，基因检测减少了药物治疗的适用人群，但总的研发费用并不会降低，许多新的有价值的治疗方案会由于缺乏支付者的支持被搁浅。这表明提高遗传药理学产品的价格会面临很大的社会压力。普遍认为这种基于遗传药理的药物价格昂贵。基于药物效果评价的市场定价会导致更多的、效果更好的同类产品开发，那么病人和医疗单位必将为这种改进的治疗方式支付更多的费用。

许多社会问题也由此产生。第一，需要对各种遗传药理学应用技术进行成本效益或成本效果分析，评估其对医疗费用、研发费用，价格以及对药品工业的激励等方面的潜在影响。政策既要鼓励创新和对新产品的研发，又要使患者和医疗单位获益。如果没有成本效益的数据资料，那些医疗单位将不愿意购买这些昂贵的产品。第二，如果遗传药理学产品治疗费用比常规治疗费用昂贵很多，那么在最佳治疗方案选择上会产生问题。由于政府无力给所有的病人提供这些新的治疗方法，结果是限量供应。在某些情况下这些药物可能只有在那些可以自己支付的人群中使用。同样，放眼全世界，发展中国家获得这种最佳治疗方案的机会就更加少。

六、未按药物标识开具处方的风险

以遗传药理为背景的药物在非合适的基因型的病人中会产生严重的不良反应。这类药物的成功使用必须是医生在了解药物适用基因型及病人基因型的基础上才能正确使用。如果药物未按标识使用，就会适得其反。部分医生并不会仔细阅读、掌握药物的使用说明。例如，众所周知，长期不当使用巴比妥盐会导致病人严重的不良反应，如成瘾和慢性疾病。为了避免临床医生在不熟悉的情况下给不适用基因型病人开这类药物，必须强化技能训练和临床管理，完善药品说明。为了监测这类错误的发生情况，上市后再评价势在必行。

七、治疗标准和责任

遗传药理学信息将是新药审批中的重要考虑因素。药物开发过程中遗传药理学信息的管理、公示以及核准不当也可能引发严重问题。一般情况下制药公司出于商业利益考虑，不太愿意公开大量临床试验的详细数据。这就需要在保护制药公司产品信息的同时，实现公众感兴趣数据的内部共享。另外一些问题源于药品公司向监督者提供的遗传药理学信息。近年的一起案件使此问题进一步凸显：四个病人联合向制药公司提起诉讼，声称该公司在确知某遗传基因特征的人群在接受该公司的莱姆病疫苗时易发生关节炎情况下没有告知病人，导致了不良反应的产生。

遗传药理学资料的应用也意味着医疗工作者将会承担更多的法律责任。这可能会导致医疗常规的改变：在药物治疗中考虑的因素日益增多，因人施药理念的日益深入，药物基因组学将引导药物安全使用标准的制订。这将对临床医生的责权产生深远的影响，他们更加期待有基因检测的结果指导临床决策。

八、根据疾病分层的社会后果

遗传药理学的应用导致了以疾病亚型为基础病人分层。例如，对于关节炎、糖尿病、精神分裂症、心脏病等常见的疾病，根据它们对某种特定药物的反应分为不同的亚型。这种分层会产生很多的潜在益处，诊断更精确，治疗更精准。然而，一个可能的后果是，病人将会被贴上“疗效好”“治疗无效”“难治疗”等标签。这对于病人来说意味着更多的含义：源于疾病新标签的社会问题可能伴随明显的偏见和身份争论，诸如享受保险、就业、保健资源等社会问题也随之出现。如果在常见病的治疗中过分重视“基因检测”，在遗传风险尚未科学量化的情况下，相关家庭成员的常见病也会使其他成员疾病易感性的感觉增加，并且限制疾病治疗方式选择。

九、遗传药理学测试与疾病易感性测试的联结

以遗传药理学为基础的疾病分层也可能与疾病预后和临床发展（例如阿尔茨海默病、心脏病等）相对应。例如胆固醇酯转移蛋白的基因多态性与患者对降胆固醇药物普拉固的反应有关。心脏病风险相关基因的突变（TaqIB）也与普拉固的疗效密切相关。这就是说，遗传药理学测试，不但有助于决策是否使用普拉固，而且可以预测心脏病的类型及严重程度。在某些情况下，药物基因组检测可以作为疾病检测的一种方式。这对于病人和他们的家庭而言可能有着特殊的含义。此外，在某些情况下的药物基因组检测可能为其他疾病的诊断提供信息。

十、遗传药理学与种族（民族）

大量研究将特定的民族或种族和常用药物无反应或出现不良反应联系起来，因为这些人群某个特定的等位基因频率较高。例如有学者宣称，为了达到同样的抗凝效果，亚洲人比白种人需要的华法林剂量低。这是由于两者CYP2D6等位基因的分布频率不同。尽管有人认为基于种族差异的处方“聊胜于无（better than nothing）”，然而将种族和药物反应联系起来可能带来巨大的社会风险。首先，必须指出有害基因在社会界定团体之间基因频率分布的不同可能只是统计学上差异有显著性，而对绝对数量意义很小（在一组人群中只有少数人携带该等位基因）。有人从生物学概念强化种族区别，试图用遗传术语解释社会分工和社会不平等的现象，这是非常危险的。这些想法源于历史上的种族歧视和种族偏见。其次，将特定的种族与特定的疾病联系起来（如犹太人遗传性乳腺癌的发生率高），可能会加深对整个民族的歧视而最终导致在医疗保健中的待遇差别。