1190－1511年间的3个世纪中，东南亚在政治上、人种上和宗教上经历了巨大的变化：蒙古人的袭击遭到失败；操大陆东亚单音节诸语言的民族——尤其是泰族不断向南定居并建立了政治统治；僧伽罗人的上座部佛教及伊斯兰教逐渐传播；最后，来自西方基督教世界的葡萄牙航海者又不期而至。

蒙古入侵者在东南亚陆海两路却未能取得成功。他们在1257年、1285年和1287年三度占领了现属越南北部的地区，但越南人每一次都迫使他们节节后退。1285年，蒙古人通过越南北部征服占婆的企图也被占人击败。1287年，蒙古人的确成功地占领了上缅甸蒲甘王国，但他们在1303年退出这一地区。在大陆东南亚，与1261－1303年间在叙利亚一样，当蒙古人遇到坚决的军事抵抗时，在后勤上处于不利地位的形势下，他们被这一战场与他们远在欧亚大平原东北边缘的基地之间的遥远距离击败了。蒙古人于1292－1293年对爪哇发动的海上远征，与1274年和1281年对日本进行的海上远征一样，也遭到了灾难性的失败。

信奉大乘佛教的爪哇胜利者，于1293年建立了满者伯夷帝国。这是印度尼西亚最后一个前伊斯兰时期的帝国。苏门答腊的长寿帝国室利佛逝在击退蒙古人的斗争中没有发挥任何作用。泰族人对它在马来半岛上的领土施加军事压力，这使它遭到了削弱。满者伯夷帝国在爪哇的兴起，以及1295年前后伊斯兰教传入苏门答腊西北部，使它进一步遭到削弱。但没有明确的证据表明苏门答腊是否落入了满者伯夷统治之下，或是否成了它的附属国。

满者伯夷帝国在大约1513－1528年间被皈依了伊斯兰教的一些爪哇小国联合推翻。一位苏门答腊夏连特的王子拜里迷苏刺，娶王朝一位公主为妻，他于1403年建立了马六甲城，这座名城位于以它命名的马六甲海峡靠大陆一端的海岸上。到1414年，拜里迷苏刺皈依了伊斯兰教，取名穆罕默德·伊斯坎达尔·沙，马六甲也成为伊斯兰教传入印度尼西亚的基地。从8世纪起，来自波斯湾沿岸各港口的阿拉伯和伊朗穆斯林水手就在伊斯兰世界和中国之间的海洋上航行，建立商业基地，并沿途在大陆和岛屿沿岸对当地居民进行劝化。在印度尼西亚，这一进程由于马六甲城的建立和皈依而得到了新的推动。然而，与印度次大陆的经历形成对照的是，在东南亚大陆和岛屿，伊斯兰教的统治不是通过武装力量强加的。伊斯兰教在这里的传播是当地统治者及其臣民自愿接受的，但这种皈依只是浮浅的。印尼人把信奉伊斯兰教与保留他们在过去1000年中接受的印度文化相互融和起来。在伊斯兰教的外表下，他们传统的印度主义仍然保持着活力。《摩诃婆罗多》仍然比《古兰经》更能温暖印尼人的心房，激发他们的想象力。

1190年传入缅甸的僧伽罗上座部佛教，于13世纪从孟人和缅甸人那里传给掸人、泰人、老挝人和柬埔寨人。上座部佛教与这些民族的当地宗教相互交融，成为每个民族的大众化的国教。这样，它就把大乘佛教和印度教从这里驱逐了出去。大乘佛教和印度数很早以前就从印度传入了东南亚，但也只局限在少数上层人物的圈子里。上座部佛教取代这些早期东南亚的印度宗教，使东南亚大部分地区仍然处在印度文化的势力范围内。印度文化只是在印度尼西亚和大陆马来亚丧失了地盘，在那里，它的表面被涂上了一层伊斯兰教色彩；另外还有东部海岸，向南扩张的越南人带来了中国的儒教和大乘佛教。(www.daowen.com)

16世纪早期北方民族向南方的扩散改变了东南亚的人种地图。1535－1539年间，缅甸人在伊洛瓦底江下游完成了始于11世纪的对孟人的征服。越南人于939年摆脱中国对他们的祖国，即现属越南北部的地区统治以后不到40年，就开始发动对占婆的袭击。到1000年，越南人已经吞并了占婆最北部的3个省份。1312年他们取得了对占婆其他地区的宗主权。1471年越南吞并了除南部一块残余地区以外的占婆全部地区，17世纪又征服了这块地区，并向南方继续推进，以柬埔寨为牺牲，占领了湄公河三角洲，并向那里殖民。幸存的占婆人则成为了穆斯林。

泰人、掸人和老挝人所讲的语言非常接近，同属大陆东南亚单音节语族中的汉－泰语文。建国于现属中国西南省份云南的泰人王国南诏，于8－9世纪在缅甸人到达以前征服了伊洛瓦底江流域，并向中国发起袭击，他们袭击的地区包括现在越南北部，当时那里是中国的一个行省。此后，泰人移民开始进入萨尔温江和湄公河流域，并在湄南河源头地区定居。1253年，南诏被蒙古征服。这个泰人的故乡随后就被汉化，伊斯兰教在这里扎根，而这种发展在13世纪后半期向泰人南移提供了新的推动，他们进入湄南河流域和马来半岛北部，而湄南河流域的孟人和柬埔寨的高棉王国便成了他们的牺牲品。

如果泰人象越南人那样带来了中国文明，他们向南方的扩张就将改变中国文明和印度文明的边界，扩大中国文明的范围。但是泰人皈依了1190年就已扎根缅甸的上座部佛教。这使泰人落入了印度文明的疆域之内。

因此，到1511年葡萄牙人占领马六甲的时候，东南亚已经形成4种宗教并存的局面。其中两种宗教即上座部佛教和伊斯兰教相对来说是较晚传入此地的。上座部征服了几乎整个大陆东南亚，只有越南、占婆的残余部分和马来半岛最南端除外。越南人是中国流派的大乘佛教徒。占人和大陆马来人成了穆斯林。海岛马来人表面上成了穆斯林，但实际上仍然是印度教徒。巴厘岛上的马来人仍然是虔诚的印度教徒。在婆罗洲、沿海地区的马来人成了穆斯林，但在广大的内地，他们仍然是异教徒。