在12和13世纪，伊斯兰教不仅生存了下来，而且还在继续扩展。这的确是一个相当可观的成就。因为伊斯兰教世界在政治上已经解体，并面临着外来势力的攻击：起初是在地中海地区受到西方基督教徒的进攻，然后在亚洲又受到蒙古人的进攻。西方基督教徒反击伊斯兰教所取得的唯一永恒的政治成果是在伊比利亚半岛和西西里，在这两个地区，穆斯林居民苟延残喘在基督教的统治之下。而对蒙古人来说，他们则未能征服叙利亚和埃及。在成吉思汗家族3个最西部封地上的统治者及其游牧部落的追随者皈依了伊斯兰教：位于欧亚平原西半部的金帐汗国是在1257年（完全皈依是在1313年），伊朗和伊拉克的伊尔汗国是在1295年，河间地带和塔里木盆地及其附近草原的察合台汗国是在1326年（虽然意见并非完全一致）。在蒙古人征服欧亚平原西半部之前，占据这一地区的基布察克突厥人游牧部落一直是异教徒，他们北部的伏尔加保加利亚人只是一个孤立的穆斯林社团。1237年蒙古人在进入俄罗斯和欧洲的途中劫掠了伏尔加河流域的保加尔城。但结果伊斯兰教不仅没有在这一地区被消灭，反而能够无限地扩大地盘。992年到1202年穆斯林征服北印度、从开伯尔山口扩张到孟加拉的过程，前面已经提及。在西方，穆拉比教团未能重新征服托莱多，该地在1085年落入基督教徒之手。但在相反方向，穆拉比人却于1086年在今天的北尼日利亚为伊斯兰教在西撒哈拉以南赢得了一个立脚点。

1098－1099年叙利亚海岸西方基督教滩头阵地的建立，以及深入到幼发拉底河以东地区的位于埃泽萨（乌尔法）的据点，对伊斯兰教世界构成了严重的威胁。参加第一次十字军的冒险家为数极少（或许不到2000人）；在1099年征服耶路撒冷之后，留下来守卫被征服地区的人更少。但是，他们设法统一了被占领区。在10世纪曾抗击东罗马皇帝尼斯福鲁斯二世（福吉斯）和约翰·齐米斯西斯的特里波利于1109年向法兰克人投降。1116年耶路撒冷的法兰克人国王鲍德温一世占领了亚喀巴和亚喀巴湾中的格里尔岛，从而切断了伊斯兰教世界亚洲和非洲部分的陆路通道。

伊斯兰教的这种局面被塞尔柱人雇佣的一名突厥军官伊马德·丁·赞吉恢复了过来。赞吉在1127年被任命为摩苏尔的总督。到1144年他已吞并了阿勒颇、霍姆斯和十字军的前哨埃泽萨。1154年赞吉的儿子努尔·丁占领了大马士革。1161－1170年他在与耶路撒冷国王阿马里克争夺对法蒂玛埃及的控制权的斗争中获胜。1171年努尔·丁的库尔德族军官撒拉丁灭掉了法蒂玛王朝，重新确立逊尼派为埃及的官方宗教。努尔·丁的帝国在他1174年去世时已经解体，但撒拉丁在阿拔斯哈里发的恩准下为自己重新征服了这一帝国。1187年他在加利利的海廷击败了法兰克人，重新夺得了耶路撒冷。第三次十字军东征（1189－1192年）未能赶走撒拉丁，尽管腓特烈一世和英法两国国王都参加了这次东征（但腓特烈中途淹死）。萨拉丁的帝国在其创建者于1193年去世后仍然保存了下来，并且在1250年萨拉丁王朝灭亡后依然存在。就在1250年，法兰克人试图第三次重复耶路撒冷国王阿马里克占领埃及的英勇业绩，但仍以失败告终。埃及现已成为伊斯兰教的堡垒和要塞。

1250年，萨拉丁王朝的一队突厥军事奴隶从王朝手中夺取了萨拉丁的遗产。如今，继承权不是由父亲传位于子嗣，而是由前奴隶的统治者传给了奴隶。在此之前德里也建立了一个具有同样结构的政权。势力达到旁遮普东南的北印度的征服者穆罕默德·古尔任命了一位奴隶总督。1215年当古尔王朝被塞尔柱人的前封地花刺子模的统治者灭掉后，这位总督的第二位奴隶继承者便成了古尔在印度的领土的统治者。

河间地带和东北部伊朗，在阿拔斯王朝及其伊朗人继承者萨曼王朝的统治下曾一度繁荣，但在11世纪初却饱受了由塞尔柱王朝的武将率领的土库曼人游牧部落的大量涌入之苦。1141年河间地带被一支流浪的契丹人（黑契丹人）占领。他们在1124－1125年被女真人赶出华北和满洲。黑契丹人并不是穆斯林，他们是一支开化的民族。河间地带在他们统治下遭到的损失要小于花刘子模的统治者造成的灾难。后者于1210年将黑契丹人赶出了河间地带。当1220－1221年蒙古统帅成吉思汗蹂躏花刺子模王国时，整个伊斯兰教世界的东北部都遭到了破坏，变成了荒无人烟的地带。

成吉思汗的入侵使伊拉克免除了花刺子模人的入侵威胁。向花制子模的入侵很可能会同成吉思汗劫掠河间地带产生同样的灾难。东部的一支塞尔柱人在1194年被其前封地花刺子模灭亡，使得阿拔斯哈里发纳绥尔（1180－1225年在位）实际上获得了独立。他利用自己的行动自由重新占据了伊朗的西北部，在道义上支持萨拉丁及其继承者，并把一种流行的运动“法图瓦赫”改造成在阿拔斯庇护下的骑士制度。

“法图瓦赫”是使伊斯兰教得以经受住蒙古人征服的几项新的伊斯兰教制度之一。另一项制度是苦行僧组成的兄弟会，其中最早的兄弟会是卡迪里教团，它由吉坦的阿布杜·卡迪尔仅立于12世纪。大多数苦行僧兄弟会的创立者都来自伊斯兰教世界的东北部。他们的宗教习俗采取了诱人心醉神迷的形式，无论他们是否是伪装的土库曼的萨满，他们都对改宗伊斯兰教的土库曼人产生了影响。这些土库曼人奉行他们所采用的宗教不仅仅是名义上的。最著名的苦修僧教团的创立者札拉丁·鲁米即是米列维教团的创始人。1207年，正当花剌子模和蒙古人的旋风席卷这一地区之前不久，他生于托卡里斯坦的巴尔赫。他在塞尔柱拉姆苏丹国的首都库尼亚赫度过了一生（1207－1273年）中的大部分时光，并在此用新波斯语写下了他神秘主义的诗歌。另一位波斯诗人设拉子的萨阿迪（约1184－1291年）并没有隐居，而终日云游四方。他成为伊斯兰教世界历史上最动荡的世纪中的百岁老人。(www.daowen.com)

塞尔柱人的帝国在小亚细亚（拉姆）的分支比幼发拉底河以东的帝国的主体具有更顽强的耐力。塞尔柱人的拉姆王国经受住了第一次十字军的风暴；1176年，它挫败了东罗马帝国为时已晚的重新征服该地的努力；它在1243年战败于蒙古人之后仍幸免于灭亡，尽管它不得不服从蒙古人的宗主权。拉姆在小亚细亚建立了一个定居的说突厥语的社会，它的文明是伊朗式的伊斯兰教文明。拉姆的苏丹设法将塞尔柱人带来的土库曼人游牧部落驱赶到伊斯兰教世界与东罗马帝国的边界，并将13世纪从蒙古逃来的游牧部落也迁移至此。与马木路克的埃及和叙利亚不同，虽然拉姆以后战败于蒙古人，被置于蒙古人的宗主权之下，但在伊斯兰教历史上这一关键时刻，它仍为伊斯兰教提供了一个庇护所。

因此，当1256年执政的蒙古大汗蒙哥委任其弟旭烈兀汗完成成吉思汗征服伊斯兰教世界的末竟事业时，伊斯兰教得以在1258年伊拉克遭到毁坏、巴格达被攻陷和劫掠、阿拔斯哈里发王朝被灭亡之后生存下来。

1261年，萨拉丁王朝的奴隶（马木路克）继承者显示出蒙古人并不是战无不胜的：他们在巴勒斯坦歼灭了旭烈兀汗常胜军的先锋卫队。被杀的蒙古将军是一名聂斯脱利派的基督徒，与他在一起的有西里西亚亚美尼亚的基督教国王和安条克的基督教王公。但驻守在阿卡的法兰克人让马木路克的军队通过。马木路克人挡住了伊朗和伊拉克的蒙古人伊尔汗国对叙利亚的3次入侵，并且在1291年占领了西方基督教在叙利亚剩下的最后一个滩头阵地阿卡。

在伊尔汗国版图内的西方基督教徒和聂斯脱利派的基督教徒都希望西方基督教王国与蒙古帝国的伟大联盟能征服整个伊斯兰教世界和消灭伊斯兰教本身。教皇和法国的使臣到达靠近欧亚平原东端的蒙古大汗的首都哈刺和林。蒙古人虽然向西方基督教徒提出了一些建议，但这一计划并投有什么结果。蒙古帝国西部地区的统治者宁愿选择伊斯兰教而不是基督教。在1295年伊尔汗加赞改宗伊斯兰教之后，他的穆斯林臣民对他的基督教臣民进行了报复。在伊斯兰教世界的亚洲部分，当11世纪土库曼人在塞尔柱人的率领下进行民族大迁移时，基督徒已开始大规模地改宗伊斯兰教。现在这种改完又获得了新的推动力；在新月沃地的人口中曾经占有多数的聂斯脱利派和一性论派基督教徒在人数上正大大减少，最终成为四处散居的游民。

在伊斯兰教世界的另一端，被西方基督教徒征服地区的穆斯林人口也大大减少，最终竟完全消失。来自西撒哈拉的游牧部族柏柏尔族穆拉比教徒和取代他们的来自阿特拉斯山脉的高原柏柏尔穆瓦希德人，都未能成功地挡住西方基督教徒在伊比利亚半岛的军事进展。1236年科尔多瓦陷落，1248年塞维利亚陷落。此后，穆斯林在伊比利亚半岛的统治仅限于格拉纳达周围的偏僻之地。但是，穆瓦维希人却成功地将西西里的诺曼人从沿海滩头驱逐出去，自12世纪40年代穆拉比人衰落之后，诺曼人一直占据着伊夫里奎亚的滩头阵地。

不过，从军事上说，在11世纪的大潮之后伊斯兰教文明涌动的西部地区并不是非洲，而是伊比利亚半岛。在这一地区，科尔多瓦倭马亚哈里发王国的解体与巴格达阿拔斯哈里发制度在伊朗的崩溃具有同样的文化推动作用。在伊比利亚半岛，地方宫廷数目的增加，扩大了潜在的文学艺术庇护人的数目。在继承科尔多瓦的哈里发的众多小邦中，诗歌创作极度繁荣。在基督教征服安达卢西亚的前夕，伊比利亚半岛为伊斯兰教贡献了一位哲学家伊本·拉希德（阿威罗伊）（1126－1198年）和一位神秘主义者伊本·阿拉比（1165－1240年）。前者与伊本·西那（阿维森纳）齐名，后者肯定加扎利对神秘主义的论证是逊尼派伊斯兰教正统教义可接受的一部分。伊比利亚半岛对伊斯兰文化的贡献与伊夫里奎亚对西方基督教文化的早期贡献具有相同的命运：尽管这些贡献创造者进行创造活动所在的地区遭到肢解，但他们的业绩仍然保存了下来。